Deze molen werd in 1634 gebouwd als ondermolen van een driegang, die zich bevond tussen Oterleek en Rustenburg, maar kreeg al in 1635 zijn definitieve, huidige, locatie. Ook de andere molens van deze driegang werden in die tijd verplaatst. 
Dit kwam vaak voor: bij droogmakerijen was het zaak, een waterplas zo snel mogelijk leeg te malen. Naarmate de droogmaking vorderde, werden molens vaak weer verplaatst naar diepere gedeelten. Recent onderzoek heeft aangetoond dat in de Schermer tijdens de feitelijke droogmaking vrijwel alle thans nog aanwezige molens eerst elders hebben gefunctioneerd, voordat zij hun huidge plaats kregen. 

Deze molen bemaalde vanaf 1635 de 332 ha. grote polder E van de Schermer op de Noordervaart, die deel uitmaakt van de Schermerbinnenboezem. De molen werd in de tweede helft van de 19e eeuw vervijzeld en in 1929 buiten bedrijf gesteld.

In de jaren erna is de molen als woning in gebruik gebleven. In de loop van de jaren '70 van de 20ste eeuw volgde, onder invloed van vrijwillig molenaarschap het draaivaardig maken. Sindsdien wordt de molen veelvuldig aan het draaien gebracht. 

In het voorjaar van 2002 werd bekend dat een subsidie is toegewezen door de Rijksdienst voor de Monumentenzorg en het VSB-fonds, bestemd voor het restaureren van alle 11 molens van de Schermer. Voor Poldermolen E betekende dit het volgende: een nieuwe houten vijzel, vijzelwiel, wachtdeur, kroosbrug, nieuwe buitenroede, vijf velden nieuw riet, windpeluw vervangen, een hek om de molen geplaatst en de waterlopen gerestaureerd. De vijzelkom is in verband met de verlaagde polderpeil verdiept zodat de vijzel goed in het water staat. Inmiddels is ook de verbinding naar de Noordervaart in ere hersteld, zodat de molen als vanouds op de Schermer-binnenboezem kan uitmalen.

De in april 2003 gestoken nieuwe buitenroede verving een zeer oude Potroede, nr. 923 (ca. 1876), die waarschijnlijk uit de Beemster afkomstig is; in de Beemster hadden de roeden een iets grotere hekafstand dan in de Schermer. Deze oude roede wordt thans bewaard bij de museummolen aan de Noordervaart.
Bijna 20 jaar later bleek ook de binnenroede aan vervanging toe; dit gebeurde op 26 oktober 2023.