Eén van de eerste aanwijzingen voor een korenmolen te Oterleek dateert van 1633. In dat jaar werd aan Claes Gerritszoon vergunning verleend om in plaats van een klein watermolentje een korenmolentje te mogen zetten in het noordeind van Oterleek. Daar stond een molen die waarschijnlijk het zuidelijk deel van de polder Oterleek bemaalde op de Heerhugowaard. Door de droogmaking van het meer veranderde de waterstaatkundige situatie, waardoor de molen zijn bemalingsfunctie verloor. Mogelijk is hij daarna door Claes Gerritszoon tot korenmolen verbouwd. 
Halverwege de 17e eeuw zal op de huidige plaats een korenmolen zijn gebouwd. Op de ‘Kaart van de Uitwaterende Sluizen’ van Johannes Dou uit 1680 staat op deze plaats een korenmolen aangegeven. In 1755 wordt bij een openbare verkoop De Otter specifiek genoemd:

“een Neringryke en welbeklante Koorn-Wint-Moolen (…) genaamd de Otter, Staande en gelegen aan het Zuyd-eynde van Oterleek, belend met de Oude Huygendyk ten Zuyden en de Heere Huygen-Waarts Ringsloot ten Noorden.”

In 1831 stond hier een achtkante, met riet gedekte molen met een vlucht van 82 voet en twee koppels stenen.

Het is deze molen die op 2 december 1899 afbrandde. In 'De Molenaar' staat naar aanleiding hiervan de volgende advertentie: "wegens gevorderden leeftijd van den eigenaar en gemis van een opvolger, het huis, erf en molenerf aan het vaarwater te OTERLEEK bij ALKMAAR, op welk erf de op 2 december 1899 verbrande korenmolen "de Otter" welke een flink bestaan heeft opgeleverd, heeft gestaan, met de overblijfselen van den molen en de verordening wegens brandschade ten laste van de Brandwaarborgmaatschappij onder verplichting om de molen op te bouwen. Te bevragen bij den heer P. KALIS te OTERLEEK, bij wien nadere inlichtingen te bekomen zijn."

In 1900 werd door Jan Levendig, timmerman en molenmaker te Dirkshorn, op deze plaats een nieuwe molen gebouwd. Hij kocht op 21 september van dat jaar van Pieter Kalis het erfpachtrecht van de molenwerf ten behoeve van zijn zoon Pieter Levendig, toen molenaar te Dirkshorn. In 1919 ging de molen in eigendom over naar Berend Gardenbroek die afkomstig was van een graanmaalderij te Ermelo. De molen die in 1921 van een hulpmotor werd voorzien bleef tot 1961 als windmaalwerktuig in bedrijf. In 1961 wordt de molen gerestaureerd door molenmaker Coppes uit Bergharen. Coppes gebruikt hiervoor onderdelen van de in 1960 deels ontmantelde molen De Weltevreden uit Etten-Leur, waaronder de buitenroede die als binnenroede in De Otter wordt geplaatst.
Nadat het maalbedrijf was beëindigd werd de molen verkocht aan de gemeente Oterleek, die hem op haar beurt in 1974 overdroeg aan de Stichting De Schermer Molens. De molen draaide ondertussen af en toe. 

In 1988 is de molen gerestaureerd, de Potroeden opgeknapt en de molen voorzien van nieuw riet. Vrijwillig molenaar Piet Koger, die zelf de roeden ophekte, heeft daarna ook de maalstoel vernieuwd zodat de molen met één koppel stenen weer kon malen.
Daar bleef het niet bij: Piet Koger ging daadwerkelijk malen en had, bijgestaan door zijn vrouw, vrij snel een klantenkring opgebouwd zodat reeds in 1990 een ton graan per week werd vermalen. Zijn bedrijf "De Otter" bleef tot 2005 bestaan.
Kort daarna is de bouwvallige schuur gesloopt en verrees een nieuwe schuur met daarin vanaf 2008 een bakkerij en een winkel, dit alles gerund door de Raphaelstichting (SW-bedrijf, primair gericht op personen met een afstand tot de arbeidsmarkt). 

Op 13 oktober 2016 werden beide roeden gestreken om daarna grondig te worden hersteld. 18 april 2017 zijn zij weer gestoken. Op 12 mei is de molen feestelijk in gebruik genomen, de vang werd gelicht door Commissaris des Konings J.W. Remkes. 

Zomer 2021 is de molen geheel geschilderd. Hierbij is de grijze kleur van de windborden komen te vervallen en is gekozen voor donkergroen, zoals voorheen. Tevens zijn de korte schoren en vangstok bij deze gelegenheid vervangen. In oktober 2023 is de kap van nieuw riet voorzien.

Constructie
Bij de herbouw in 1900 is grotendeels gebruik gemaakt van onderdelen die van elders afkomstig waren. Het achtkant is gemaakt van tamelijk ruw bewerkt eikenhout. Aan de plaats van vroegere houtverbindingen is duidelijk te zien dat het achtkant voorheen wijder is geweest: de onderste bintlaag is verplaatst en de gehele constructie van nieuwe veldkruisen en regels voorzien. Vermoedelijk is ook het boventafelement bij die gelegenheid vernieuwd. Aan de beide voeghouten van de kap zijn sporen van een vroegere hangelier te zien, zodat mag worden aangenomen dat ze ooit een binnenkruier hebben gediend.

Het wiekenkruis bestaat uit twee ingekorte ijzeren buitenroeden. De binnenroe is in 1894 gemaakt voor rekening van C. Coppens te Chaam, waarschijnlijk voor molen De Weltevreden in Etten-Leur. Deze molen is in 1960 deels ontmanteld. Onderdelen waaronder de buitenroede zijn verkocht aan molenmaker Coppes uit Bergharen. Deze restaureert De Otter in 1961 en plaatst de buitenroede als binnenroede in De Otter. Coppes maakt ook fokwieken met regelkleppen aan de wieken, vervangt de koningsspil en vervangt het houten rollenkruiwerk door engels kruiwerk.

De ijzeren as uit 1888 is waarschijnlijk gestoken in 1888 en is na de brand teruggeplaatst. Bovenwiel en bonkelaar zijn ongetwijfeld van Zaanse herkomst.

In 1969 zijn de achtkantstijlen hersteld. In 1988 is het gevlucht terug gewijzigd in Oud-Hollands, vijf velden en de kap zijn van nieuw riet voorzien, de korte spruit is vervangen en er is een nieuwe stalen lange spruit geplaatst. Vrijwilligers hebben een nieuwe vloer in de kapzolder gemaakt.

Op de begane grond liggen op een maalstoel twee koppel stenen. Het noorderkoppel met kunststenen kan zowel op de wind als op de motor malen. Is dat laatste het geval, dan gebeurt dat via een drijfriem op de bolspil.