De molen is oorspronkelijk gebouwd geweest als een beltmolen door vermoedelijk molenmakersbedrijf Kleinbussink uit Apeldoorn. Later, toen de molen in 1906 door brand werd verwoest, werd hij verhoogd tot een stellingmolen.
Zoals de heer J.S. Bakker heeft onderzocht, bleken er in de molen diverse onderdelen verwerkt te zijn van andere molens, zoals eikenhouten achtkantstijlen van een poldermolen, als legeringsgebinten in de vloeren verwerkt. Een opmerkelijke ontdekking!

In 1939 was de molen nog voorzien van twee nieuwe Potroeden met van Bussel stroomlijnwieken en een nieuwe rode Icopal kapbedekking. De molen was eigendom van de fa. van Rooijen.

14-11-1940: De zware storm van 14 november 1940 bracht flinke schade toe, de complete kap met wiekenkruis en al werd van de romp geslagen, waarna de molen tot romp is afgebroken. 
Eén der wieken kwam terecht op de naastgelegen villa van de heer Costerus, die hierdoor ernstig beschadigd werd.
Zowel de molen als de villa waren tegen stormschade verzekerd.

De onttakelde molen werd echter niet meer hersteld. De eigenaar, de firma Van Rooijen, heeft in 1943 nog een poging ondernomen om de molen in oude luister te herstellen. Het bleef echter bij die poging. Tijdens de Slag om Arnhem boden de dikke molenmuren en de belt een goede schuilplaats aan de burgers.

Nog tot het midden van de 1990-er jaren bleef De Eendracht in gebruik bij de firma Van Rooijen. Voor de definitieve sloop werd er door de Archeologische Werkgroep Wageningen archeologisch onderzoek gedaan. Diverse onderdelen van de oude molen worden nog steeds bewaard.
Het spoorwiel van deze molen draait nu in de molen van Molenaar Gunnewick te Vragender.

In 1996 moest de overgebleven romp wijken voor de bouw van een appartementencomplex. De Historische Vereniging Oud Wageningen deed in september 1993 pogingen om de romp op de rijksmonumentenlijst te krijgen, maar projectontwikkelaar Jan Agterberg van BCE Bouw reageerde: "Het is een klomp stenen die niet bijzonder mooi op elkaar zijn gemetseld, er zit niks geen binnenwerk meer in en er zit een teerlaag bovenop. Kortom, het is een lelijk zwart ding. Als ze die romp op de monumentenlijst plaatsen, kunnen ze er heel Nederland wel op zetten." Omdat de oudedagsvoorziening van de weduwe W.W.C.W. van Baren-Daniëls ook in gevaar kwam, was het zaak de molenromp zo snel en efficiënt mogelijk te vervangen door een appartementencomplex.

Bronnen:
- Het Vaderland 14 november 1940. André Nibbelink, 2 jan. 2006.
- "Groeten uit Wageningen (5)", art. door Gerard Olinga in Contactblad Historische Vereniging Oud Wageningen, april 2011.
- Informatie van Rob Simons, 28 nov. 2011.
- "Waarom Molen De Eendracht niet herbouwd mocht worden (1)", art. door Martin Brink in De Veluwepost 16 aug. 2013.