Uit een Nijmeegs Schepenprotocol uit de 15e eeuw blijkt dat de molen toen hier al stond.

In 1799 heeft een dijkdoorbraak de molen zwaar beschadigd, en ter plaatse een diepe kolk achter de molen geslagen. De herstelde dijk werd om de kolk heen gelegd waardoor een bocht ontstond in het dijktracé. De kolk van de doorbraak van 1799 bleef als litteken in het landschap achter. Hij werd na WO II gedempt met de resten van de molen, van de verdere bebouwing en met daar aan getroffen achtergelaten munitie. Toen werd ook de dijk weer in het oude tracé gelegd en verdween de bocht.

Bij de restauratie van de molen in de 18e eeuw werd op één van de balken (de zetelbalk) de volgende inscriptie aangebracht: I V D G – A D 1778, wat staat voor: Jan van der Grinten Anno Domino 1778. De toenmalige molenaar en molenbouwer Van der Grinten was een telg uit het bekende molenbouwers-geslacht Van der Grinten. Waarschijnlijk werd bij die restauratie van 1778 de molen verbouwd tot kokerkorenmolen.

05-08-1817: Na Koninklijk Besluit van 5 augustus 1817 werd vanwege de aanwijzing als handelsweg in de buurtschap Thornsche Molen een post van Invoerrechten en Accijnzen gevestigd, bemand met douanebeambten. 

Daar de molen hoog aan de dijk stond, scheerden de draaiende 21 m lange wieken vlak langs het wegdek van de dijk. Daarmee bestond een gevaar voor passanten.

In de 1930-er jaren was de molen in verval geraakt. Ubbergens burgemeester Sassen nam het initiatief tot restauratie, en kreeg een financiële bijdrage van provinciale en landelijke instanties.

De molen werd in de zomer van 1931 ontwiekt,

29-06-1935: Gelderlander
"VERKOOPINGEN
Notaris Klaassen te Nijmegen heeft verkocht
I. Het woonhuis genaamd “De Thornsche Molen” met stalling en schuur, tuin, weiland, dijk en dijkweiland te Persingen groot 6.39.600 HA. voor ƒ 13.600 aan den heer J.W. Jeuken te Horssen.
II. De windkorenmolen genaamd “De Thornsche Molen” onder Persingen, voor ƒ 1500 aan den heer H. Vierboom te Heijen.
III. Het erfpachtrecht tot 31 Dec. 1952 van een perceel grond te Persingen met den eigendom van de daarop staande stoommolen, voor ƒ 1400 aan den heer H. Vierboom te Heijen."
Informatie van Peter Pouwels, 26 december 2012

In 1940 werd de molen door een zware novemberstorm zwaar beschadigd, de wieken lagen geknakt op de Kapitteldijk. Opnieuw was het burgemeester Sassen die de restauratie bewerkstelligde. Precies één jaar later, 15 november 1941, werd de Thornsche Molen onder grote publieke belangstelling uit binnen- en buitenland opnieuw feestelijk in bedrijf gesteld.

15-11-1940: Zutphensche courant
Door den storm.
Tijdens den storm werd op den weg Nijmegen-Mill de z.g. Torensche molen, dateerende uit de 17e eeuw, door den storm zwaar beschadigd. De molen hangt voorover; men kan door de wanden heen zien. Men vreest, dat deze oude molen zal moeten worden afgebroken.
Informatie van André Nibbelink, 5 januari 2006

14-11-1940: De zware novemberstorm die op 14 november 1940 over Nederland trok, beschadigde ook heeft ook deze molen zwaar. De molen werd van achteren getroffen waardoor de bovenas ca. 75 cm naar voren was geschoven. Een wiek stak bijna een meter in de grond waardoor de windpeluw van plaats veranderde. 
Hij bleef hangen aan een zwaanhals onder de as.
De molen onderging daarna een zeer grondige restauratie. Zo werd de molen voorzien van het Van Bussel-wieksysteem. Bijzonder aan deze molen was wel, dat er geen bovenzetel aanwezig was, de kop rustte van onder met de voegburrie op het vrij ruime boventafelement van de ondertoren.

Op 15 november 1941 werd de molen na restauratie weer geopend. Sindsdien was de kap gedekt met rode Icopal, de kop was lichtgrijs geschilderd terwijl de hoeken van de stijlen met wit waren aangegeven. De toren was gedekt met zwart geteerd doek, terwijl de muren met kalk gewit waren.
Een luiwerk had deze molen niet.
Informatie van Rob Simons, 28 november 2011.

25-09-1944: Tijdens een hevige strijd tussen de Fallschirmjäger en de All Americans met de Thornsche Molen als strijdtoneel, werden op 25 september 1944 de buurtschap en de molen door brandbommen vernietigd. Een dramatisch einde voor de eeuwenoude Thornsche Molen. 

Jan Vierboom – de derde en laatste generatie van het muldergeslacht Vierboom van de Thornsche Molen – bouwde een elektrisch aangedreven maalderij in het dorp Ooij.
De naam ‘Thornsche molen’ nam hij mee.

Bron: website van de Thornsche Molen, juli 2020.

Op 18 september 1944 verwoest door oorlogshandelingen.
Eigenaar Koos Vierboom.