De omstreeks 1638 als binnenkruier gebouwde molen bemaalde voorheen de 356 ha. grote Klein-Duivendrechtse en Binnenbullewijkerpolder op de Amstel (de boezem van Amstelland).
Op 22 juli verkregen de ingelanden van de buurt Klein-Duivendrecht en een deel van de Binnenbullewijk octrooi tot bedijking van hun voordien met Amstellands boezem gemeen liggende landen.
Ten oosten grensde de daardoor ontstane polder aan de Westbijlmer- en Laanderpolder, waarvan hij slechts gescheiden was door afdamming van sloten en door een eigen windmolen bemalen werd. In 1879 kwam ten behoeve van een in het gebied van beide polders uit te voeren vervening, door samenvoeging de Verenigde Westbijlmer- en Klein Duivendrechtse polder tot stand.

De uitgeveende gronden zijn begin 1900 drooggemaakt en de hierdoor ontstane polder, de Nieuwe Bullewijk genoemd, werd bij Statenbesluit van 21 december 1909 gereglementeerd. Bij overeenkomst van 20 mei 1909 werd bepaald dat het resterende deel van de Verenigde Westbijlmer- en Klein Duivendrechtse polder haar overtollig water onder zekere voorwaarden op de veel dieper gelegen droogmakerij mocht laten aflopen. De taak van de beide windmolens was daarmee in feite overgenomen door het stoomgemaal van de polder Nieuwe Bullewijk. Begin 1910 trad de overeenkomst in werking. De molen van de Westbijlmer- en laanderpolder is nadien half afgebroken en uiteindelijk geheel verdwenen.

De molen van de Klein-Duivendrechtse en Binnenbullewijkerpolder bleef staan, maar raakte sterk in verval. In 1949 werd hij overgedragen aan de speciaal ten behoeve van het behoud van deze molen opgerichte "Stichting Molen bij Ouderkerk", waarna in 1950 een restauratie plaatsvond. Na jaren als vakantieverblijf en weekendwoning te hebben gediend, volgde in 1972 overdracht aan "De Hollandsche Molen" te Amsterdam.

In 1975 werd de molen uitwendig gerestaureerd en inwendig geheel tot woning ingericht. Het gaandewerk, behalve het toen al niet meer aanwezige onderwiel, werd verwijderd. Dit omdat deze molen, vanwege alle waterstaatkundige werkzaamheden, toch nooit meer maalvaardig zou kunnen of morgen worden. Vanwege de verzwaring van de Amsteldijk werd toen ook de voorwaterloop gedicht. Scheprad en wateras werden ter beschikking gesteld aan de Stichting De Utrechtse Molens. 
Sinds de voltooiing van de laatste restauratie wordt de molen af en toe door de bewoner aan het draaien gebracht.

In 2009 kreeg de molen een geheel nieuw rietdek en windpeluw.