De molen werd in 1878 in opdracht van Jannes Nijendijk door molenmaker W.F. Looman Jr. uit Deventer op een natuurlijke hoogte gebouwd.
In 1899 werd een petroleummotor aangeschaft, die vanuit een ingebouwde machinekamer één koppel maalstenen kon aandrijven. In 1922 kwam buiten de molen een machinekamer met een ruwoliemotor die de maalstenen van onderen aandreef.

In 1923 werd de houten bovenas vervangen door een gietijzeren exemplaar, afkomstig van de afgebroken molen van Jolink uit Toldijk (Steenderen). Molenmaker Ten Have bestelde direct een nieuwe binnenroede en voorzag die meteen van zelfzwichting. 

Gaandeweg nam de machinale kracht het van de wind over. Alleen tussen 1940 en 1945 maalde men weer op windkracht. In 1956 zette de toenmalige J. Nijendijk zijn groeiende bedrijf om in een firma waarin ook de zonen Herman en Piet toetraden. De werkzaamheden lieten niet meer toe dat er veel naar de molen werd omgezien, al zorgde de firma er steeds voor dat de windmolen niet in verval raakte.
In 1965 werd met financiële hulp van diverse instanties in opdracht van de firma Nijendijk de molen met een stenen voet verhoogd, het rietdek deels vernieuwd en de zelfzwichting op de binnenroe vervangen door fokken. In 1985 kreeg de kap nieuw riet.

Omdat er geen opvolgers waren had de firma in de loop van jaren de veehouderij en de bakkerij al afgestoten. In 1988 werden, als laatste onderdeel, de machines van de maalderij stopgezet. De molen werd inmiddels al geruime tijd op vrijwillige basis in bedrijf gebracht. 
In januari 1994 droeg de familie Nijendijk de molen over aan de Stichting De Warkense Molen. Deze zorgde kort daarna voor een noodzakelijke restauratie. Op de molen wordt tegenwoordig op vrijwillige basis veevoer gemalen door de actieve maalploeg. 
In december 2023 werden alle kruineuten opnieuw afgeschuind en voorzien van metalen plaatjes: de molen was inmiddels namelijk vrijwel niet meer te kruien!