De molen is in 1641 gebouwd als binnenkruier. Onbekend is wanneer de molen tot buitenkruier omgebouwd is. De kruikrammen in het boventafelement zijn in ieder geval nooit verwijderd: zij zitten er, vermoedelijk al heel lang zonder functie, nog steeds.

Tot 1980 bemaalde de molen de 317 ha. grote polder Broekzijds en loosde het water op het Gein. Al in 1968 was de molen van het waterschap Broekzijds in eigendom overgegaan naar de Stichting De Utrechtse Molens.
Na een aantal jaren in minder goede staat te hebben verkeerd, is in 2009 volop aan de molen gewerkt. Zo is toen de binnenroede vervangen.

De molen heeft een zeer bijzonder wieksysteem; vanaf 1952 op beide roeden, na een roedebreuk een tijdlang op één en sinds 2009 weer op beide roeden: de fokwiek volgens Dekker, vaak abusievelijk 'Half-Verdekkerd' genoemd. Deze rond 1950 door A.J. Dekker toegepaste wiekvorm, door hem 'spleetwiek' genoemd, werd vooral in Rijnland regelmatig toegepast, maar leverde moeilijkheden op met Ir. P.L. Fauël, die octrooi had op de rond 1945 door hem ontwikkelde fokwiek. Om die reden moesten vervolgens, op gerechtelijk bevel, de 'spleetwieken' worden voorzien van windborden, waardoor de fokwerking verdween en er slechts een stroomlijn overbleef. Lange tijd was deze molen de enige die dit systeem nog had, maar sinds eind 2023 heeft de Grosmolen te Hoogmade ook op beide roeden deze 'spleetwiek'. 

Eind 2021 heeft men deze molen, net als vele andere van de SDUM, preventief stilgezet: onderzoek naar de kwaliteit van de roeden had problemen aangetoond. 
Na ruim 3 jaar te hebben stilgestaan, kreeg de Broekzijdse molen op 10 januari 2025 nieuwe roeden.