In 1649 werd de oude molen van de Zanepolder vernieuwd vanwege de vereniging met de noordelijk aangrenzende "Polder Agter de Kerk". Hierdoor ontstonde de Polder Kerk en Zanen, de molen werd genoemd Nieuwe Zanemolen. De molen bemaalde de polder samen met De Groote Molen (Tenbruggencatenummer 06486 m).

In 1906 werd de windbemaling van de Polder Kerk en Zanen door stoombemaling vervangen. Op de plek van de molen kwam een stoomgemaal.

Bronnen:
- "Middeleeuwse watermolens in Hollands polderland", A. Bicker Caarten, 1990.
- "De Viersprong" molenbijlage bij nr. 51, 1997, Historische Vereniging Alphen aan den Rijn

Met dank aan H. van der Kaay.