In 1662 werden twee kleine molens vervangen door de eerste molen op deze locatie, daarmee ontstond de Zemelpolder van 50 morgen.

De molen brandde in 1708 af en werd herbouwd.

Bij een overstroming in 1804 werd mogelijk tijdelijk een vijzelmolen gebruikt als hulpbemaling.

In 1808 plaatste molenmaker Van der Zaal een nieuw as en roeden.

Op 7 december 1825 brak de as en vielen de roeden in stukken, molenmaker Dobben uit Sassenheim zorgde dat de molen op 1 maart 1826 weer kon werken.

Van der Zaal verrichtte nog tot 1836 reparaties aan de molen.

In 1928 werd de molen voorzien van een elektrische aandrijving van 7½ pk.
In 1999 had de molen ijzeren as en roeden, vlucht 17,80 m, en een stalen vijzel.

Bron: Kroniek van de Lisser Timmerman en molenmaker Cornelis van der Zaal, 1762-1839, Bert Kölker, 2012.

De Zemelmolen is een poldermolen ten zuiden van de oude dorpskern. Voor 1942 was de molen ingericht als schepradmolen, hij werd in dat jaar vervijzeld. Het scheprad werd vervangen door een kleine stalen motorvijzel. De molen was niet maalvaardig, al waren er voor de brand al jaren plannen om het scheprad in ere te herstellen.

De roeden waren afkomstig van de in 1951 gesloopte molen van de polder Deijfelsbroek onder Rotterdam-Pernis. De molen was eigendom van de gemeente Lisse. De biotoop van de molen was sterk aangetast door beplanting en bebouwing. P. van der Veek was molenaar van de molen. De molen is op 4 november 1999 door brandstichting grotendeels verwoest, later werd hij herbouwd.