In de oude heerlijkheid Wittem lag als een staatje in een staat de Malthezer Commanderij met aan het hoofd een commandeur. In 1215 kreeg de commanderij de molen ten geschenke en van die tijd af waren de pachters van de landerijen verplicht daarop hun graan te laten malen. De molen werd toen reeds ‘Commandeursmolen’ genoemd.
De aanduiding 'Onderste molen' is wel in gebruik ter onderscheiding van de hoger op de Geul gelegen 'Bovenste Molen".