De Etersheimer Braak is, zoals de naam zegt, ontstaan na een doorbraak. Deze 48 ha. grote polder is in 1632 bedijkt en en wordt sindsdien, bij wijze van onderbemaling, met een opvoerhoogte van 2,20 meter, bemalen en maalt uit op de polder De Zeevang. Uiteraard gebeurde dat vanaf 1632 op windkracht.

Op 13 juni 1882 verbrandde de molen, toen precies 250 jaar oud, na blikseminslag. Het was een drama, want ook de vrouw van de molenaar kwam daarbij om het leven.
Direct werd de molen herbouwd, maar op 23 juni 1886 was het opnieuw raak, wederom na blikseminslag. Direct volgde herbouw: reeds op 28 augustus 1886 was de nieuwe molen maalvaardig. 
Opmerkelijk is dat men zowel in 1882 als 1886 koos voor een nieuw te bouwen molen, hoewel er in de nabijgelegen Beemster vermoedelijk ruim voldoende uitstekend tweedehands materiaal beschikbaar was.

In 1920 werd, nadat een gemaal was gebouwd, de molen stilgezet. In 1926 gingen de roeden eruit en in 1935 werd de romp ter hoogte van de kapzolder afgezaagd. Potsierlijk werd de oude molenbaard omgekeerd bovenop de romp bevestigd.

Deze in de loop der jaren sterk verzakte molenstomp (hij dreigde zelfs van de fundering af te schuiven!) werd tenslotte gered en gerestaureerd. De fundering moest men toen geheel opnieuw uitvoeren; van de oude molen zijn achtkant (althans: het deel tot aan de kapzolder) en halssteen hergebruikt; voor het overige is alles nieuw. In september 2002 zijn de kap geplaatst en de roeden gestoken en op Nationale Molendag 2003 deed de molen voor het eerst mee.
Dit grote project voltrok zich langzaam, omdat er relatief veel aan de infrastructuur (maalcircuit, verbetering en verharding van wegen e.d.) moest worden verricht. Op 26 mei 2005 werd de Etersheimer Braakmolen officieel in gebruik gesteld.
Naar keuze kan de molen uitmalen of gebruik maken van een (lang) circuit.

Sinds lange tijd stond er naast de molen een bliksemschuur (waar de molenaarsfamilie zich in geval van noodweer terugtrok). Deze is niet in oorspronkelijke staat gehandhaafd; op die plaats is een molenaarswoning met bezoekerscentrum gebouwd.

De molen draait en maalt zeer geregeld, waarbij de maalvaardigheid goed wordt bijgehouden: in 2014 werden tot twee keer toe diverse duigen van de houten vijzel vervangen en heeft men ook de waterlopen uitgebaggerd.