De Achlumer Noorderpolder was ca. 309 ha groot en gelegen onder de dorpen Achlum en Hitzum. In 1853 werd een "fundamenteel reglement" vastgesteld, dat de oprichting en de inrichting van de polder regelde. Vervolgens werd in 1855 een reglement "op het beheer" vastgesteld.
De polder werd bestuurd door een tweetal gecommitteerden, gekozen door de eigenaren en gebruikers binnen de polder. Bijgestaan werden ze door een boekhouder, tot wederopzegging te benoemen door de ingelanden.

Vóór 1853 werd het gebied bemalen door een tweetal, waarschijnlijk kleinere, molens. Deze en andere waterstaatkundige werken werden door de polder overgenomen. De bestaande molens werden in 1853 vervangen door de huidige, gebouwd door Pieter M. Boonstra te Menaldum. Het in hetzelfde jaar gebouwde "polderhuis" bij de molen werd gebruikt voor huisvesting van de molenaar maar ook voor vergaderingen door het bestuur. Vervolgens was deze molen bijna een eeuw op windkracht in bedrijf voor de Achlumer Noordpolder.

In 1949 overwoog het polderbestuur de molen te laten vervangen door een gemaal. Vanaf 1950 werd in de molen een motor en een nieuwe vijzel (die voor molenbegrippen in omgekeerde richting draaide) aangebracht. In 1954 werden wiekenkruis, kap, staartwerk en koningspil verwijderd.

Al vóór 1980 werd gesproken over herstel van deze fraai gelegen en ook goed onderhouden molenromp; in het Fries Molenboek van 1980 wordt de - dan nog onttakelde - molen al vermeld. Ook in 'Friese Molens' (1995) heeft de Achlumer Molen een plaats, maar nog steeds incompleet. 

Pas in de 21ste eeuw slaagde het plan. Op 18 oktober 2007 werden een geheel nieuwe kap aangebracht en twee roeden gestoken.
Opmerkelijk is hierbij de Potroede, afkomstig van de molen van Lonjé te Bolsward. Bij de restauratie daar werd verondersteld dat beide roeden slecht zouden zijn, maar dat was vanwege het Dekker-plaatwerk niet goed vast te stellen. Na verwijdering van het Dekkersysteem bleek één roede nog opvallend goed, maar inmiddels waren voor Lonjé al twee nieuwe roeden besteld. De goede Potroede werd daarom aan de molen van Achlum beschikbaar gesteld.
Nog twee onderdelen zijn oud: de bovenas is afkomstig van de voormalige poldermolen 'Triolum' bij Lollum, die na jaren van stilstand en verval in 1990 in elkaar zakte. De kruilier is ook bijzonder, want die werd gered uit de restanten van de op 25 januari 1990 door storm verbrande poldermolen "De Non" (Kloosterpoldermolen) te Ferwert.