Het bouwjaar van de Graaflandse molen is, net als dat van de andere twee wipmolens van deze polder, onbekend. Dat de molen zeer oud moet zijn, is duidelijk: enkele balken zijn vervaardigd uit oude houten roeden, die nog voorzien zijn van gaten voor dwarsgetuigde hekkens. 

Tot 1865 was deze molen onbewoond: in november van dat jaar besloot het polderbestuur zowel de Graaflandse Molen als de Achterlandse Molen te voorzien van een schoorsteen, twee deurkozijnen, vier lichtkozijnen, een bedstede, een zolder en de molen rondom af te timmeren.
In 1880 werden de onderste twee kamwielen vervangen door conische gietijzeren wielen. Tegelijk werd ook een gietijzeren wielbak aangebracht. Zowel de bak als de wielen werden vervaardigd bij de bekende ijzergieterij Penn & Bauduin in Dordrecht. Opvallend is ook, dat in diezelfde tijd om het bovenwiel een extra velg is aangebracht. Kennelijk was het oude wiel niet sterk genoeg of bezat het onvoldoende vangkracht. 

De Graaflandse Molen was tot 1965 in bedrijf. De molenaar hier fungeerde als 'voormolenaar': hij gaf het sein voor wel of niet malen in de polder (waarbij hij op de seinen van de twee peilmolens van de Overwaard moest letten).

In 1970 werden uitvoerige herstellingen uitgevoerd aan het bovenhuis: het gehele stormbint, daklijsten en kap werden toen vernieuwd; helaas kon toen aan de toen al opvallende scheefstand van de ondertoren (en daarmee van de gehele molen) niets worden gedaan, waardoor dit herstel al vrij snel onvoldoende bleek.
Tot 1996 draaide de molen geregeld, zelfs al was het op het laatst niet meer mogelijk, te kruien. Duidelijk werd, dat deze molen een zeer ingrijpende restauratie nodig had.

Op 24 mei 2005 werd het bovenhuis gelicht, om in de werkplaats van de fa. De Gelder te worden vernieuwd. Daarna pas werd duidelijk wat de scheefstand had veroorzaakt: de ondertoren bleek niet alleen verzakt maar ook deels van de fundering afgeschoven. Dat moest - letterlijk - worden rechtgezet.
Op 12 juli 2007 werd het geheel vernieuwde bovenhuis op de weer recht staande ondertoren geplaatst, daarna volgden as met bovenwiel, kap en staart en - enige weken later - de roeden. Op 19 april 2010 kwam het herstel aan de waterloopmuren gereed en 26 april werd het sintelstuk teruggeplaatst. 15 juli van dat jaar heeft de molen proefgemalen.

De woning, die rond 1966 leeg was komen te staan, is bij de ingrijpende restauratie van de ondertoren geheel komen te vervallen; het onderwiel draait tegenwoordig in een verder vrijwel lege ruimte.