Deze molen is in 1869 gebouwd als opvolger van een, vermoedelijk, wipkorenmolen. Met een hoogte van ruim 30 meter is de Windlust voor een dorp uitzonderlijk hoog, het is ook met afstand de hoogste molen van het Westland.

Op 14 november 1880 brandde de deze molen, toen amper 11 jaar in gebruik, uit. Herstel volgde vrij spoedig daarna. Hierbij heeft men de kap van een aanzienlijk kleinere molen (gezien de constructie afkomstig uit Groningen of Friesland) gebruikt. Ook werd de stelling herbouwd in een afwijkende achtkante vorm met buitensluiting. Later kreeg de molen op de binnenroede zelfzwichting. Van dit laatste resteert de doorboorde bovenas.

In het begin van de jaren '30 kwam de windkracht buiten gebruik en raakte de molen in verval. In 1946 heeft men de stelling verwijderd en in 1954 verdwenen de roeden (die vervolgens naar de Seismolen te Middelburg gingen). Inwendig volgde ook onttakeling: het gaandewerk werd verwijderd en in de Aeolus in Vlaardingen aangebracht (die molen werd, na bijna 40 jaar onttakeld te zijn geweest, in ere hersteld). In Wateringen bleef een hoge stenen molenromp met kap en bovenas achter.

In de loop van de jaren '60 werd het initiatief genomen tot rehabilitatie van de Windlust en dit werd een succes: in 1969 kocht de speciaal opgerichte Stichting Vrienden van de Wateringse Molen de kale molenromp en ging aan de slag. Op 1 mei 1972 nam men een geheel gerestaureerde molen in gebruik. 

De molen kreeg een nieuwe, ruimere kap en een stelling met de meer gebruikelijke twaalfhoekige vorm. Het gaandewerk kwam, zónder bovenas (want die was er nog), maar verder compleet met bovenwiel en een koppel maalstenen, van de in april 1971 onttakelde korenmolen 't Hert te Rhoon. Ooit moeten zich in de Windlust vier koppel maalstenen hebben bevonden.

De molen is jarenlang in gebruik geweest bij de familie Hoek. David Hoek woonde met zijn huishoudster Betsie Edixhoven in het huisje naast de molen.
Vervolgens werd de familie Bom eigenaar. De elektrische malerij die langzaam maar zeker groeide is nog steeds in de molen aanwezig, in een aanbouw bevindt zich de diervoederwinkel en zo is deze molen een zeer goed voorbeeld van een uit een windmolen ontwikkelde maalderij. Oud-eigenaar en -molenaar Wim Bom overleed op 10 december 2016, 100 jaar oud.

De molen was zeer geregeld in bedrijf waarbij ook werd gemalen. Niet zelden op windkracht voor de malerij beneden!
Dit alles duurde tot augustus 2022: toen bleek na onderzoek dat beide inmiddels 50 jaar oude gelaste roeden gebreken vertoonden. Als gevolg heeft men de molen stilgezet, de zeilen en borden gingen eraf daarna stond de molen te wachten op betere tijden (en was ook niet te bezichtigen). 

Nieuwe roeden werden besteld en waren na zekere tijd gereed; in maart 2024 begon de firma Verbij met het kaalzetten van de oude roeden. Op 17 april was het zover: de oude roeden gingen eruit en de nieuwe erin. Niet lang daarna was de molen weer draaivaardig. Opmerkelijk is dat de Oud-Hollandse voorzomen in het nieuwe wiekenkruis nu voorzien zijn van neusremkleppen. 
Niet alleen buiten werd gewerkt: begin mei bracht molensteen-expert Hans Titulaer het koppel maalstenen weer in perfecte staat.