Het is niet bekend, wanneer op deze plaats een watermolen is gebouwd. De oudste schriftelijke vermelding is uit 1433. Uit deze akte, berustend in de Schepenprotocollen van Den Bosch, blijkt dat de molen dan al bestaat. Ook wordt al snel gesproken over een koren- en oliemolen.
De rivier de Aa gaf veel problemen wat betreft de waterafvoer, daarom kreeg deze molen reeds in 1491 een maalverbod gedurende de zomer; van oktober tot en met maart mocht de molen werken, daarbuiten niet.
Omdat de Kilsdonkse Molen en de windmolen van het iets verderop gelegen Heeswijk in dezelfde hand waren en vaak zelfs bediend werden door dezelfde molenaar, gaf het verbod om in de zomer met de watermolen te werken gedurende honderden jaren geen ernstig bezwaar voor de molenaar en zijn klanten.

Het werd pas een probleem, toen in 1799 het eigendom gesplitst werd. Watermolenaar Nicolaas Coppens kreeg geen toestemming om een windmolen naast de watermolen te bouwen; daarom bouwde hij tenslotte, in 1813, de windmolen zónder toestemming. Het ging om een houten molen; ook het gebouw van de watermolen was toen van hout.

In 1842 brandde het hele complex, toen eigendom van Cornelis van Aert, af. Meteen volgde herbouw, nu in steen. Ook daarna bleef het omstreden, of de watermolen alleen een wintermolen was of het hele jaar mocht malen. Het kwam onder meer in 1858 tot een proces. De molenaar beweerde uiteraard het laatste, maar werd in het ongelijk gesteld.

De problemen rond de waterbeheersing bleven kennelijk dusdanig, dat ruim in 1880 de overheid ingreep: de watermolen werd stilgelegd en de stuwen verwijderd. Het stenen molengebouw bleef staan; in 1882 werd het binnenwerk, de oliemolen dus, verwijderd: het watermolengebouw diende vervolgens als woning voor de molenaar en zijn gezin, vanaf 1928 was dat de familie Potters.
Later kwam de woonfunctie te vervallen en werd er een graanmalerij gevestigd.

In 2000 werd het maalbedrijf opgeheven. De familie Potters had ondertussen in 1998 al contact opgenomen met De Hollandsche Molen en dit leidde uiteindelijk in 2005 tot het begin van de algehele rehabilitatie van dit voor Nederland unieke monument.
Let wel: dit is niet de enige watervluchtmolen van Nederland geweest, het is wel de enige waarvan nog een duidelijk restant aanwezig was (dat ook nog gereconstrueerd kon worden).