De eerste molen die op deze plaats stond, werd gebouwd in 1487. De huidge molen werd waarschijnlijk gebouwd in 1714.
Oorspronkelijke bestemming was het bemalen van de polder Bergambacht op de Vlistboezem. Deze polder werd - tot de ingebruikname van een mechanisch gemaal in 1926 - tevens op de Lek bemalen door twee ondermolens en één bovenmolen. Tot 1917 kon bovendien nog een bovenste molen worden ingeschakeld.
Tot 1879 maakte de Bachtenaar deel uit van een gang van molens, die uitmaalden op de Hollandse IJssel. In dat jaar werd het stoomschepradgemaal P.J. Smits in gebruik genomen. Dit gebouw, aan de Hoogstraat 133 te Haastrecht draagt nu de naam Aletta.
Langs de Vlist bij Haastrecht (Oost Vlisterdijk 1) is nog de zgn. "Zesde Molen" aanwezig. Langs de Bilwijkerweg, vanaf de Vlist, richting Stolwijk, is nog de onderbouw te zien van een andere molen van die molengang, de zgn. Molen van Hol.

Tot mei 1939 werd door de Bachtenaar het water uit een gebied met een oppervlakte van zo'n 2570 hectare opgevoerd tot een hoogte van tussen de 1 meter en 1.30 meter.
Tussen mei 1939 en 1941 heeft de molen niet gefunctioneerd. In 1941 werd hij weer in gebruik gesteld, als gevolg van brandstofschaarste. Deze periode duurde tot 1946. Daarna volgden stilstand en verval.

Eigenaar van de Bachtenaar was van 1961 tot 1976 de gemeente Bergambacht. In 1963 en 1964 werd een voornamelijk uitwendige restauratie uitgevoerd, waarna de molen weer in redelijke staat verkeerde. Hierna volgde weer een periode van matig onderhoud.

In 1976 gebeurde iets opmerkelijks: de gemeente verkocht de molen aan het echtpaar Oskam, dat al jaren deze molen als woning huurde. Vervolgens is De Bachtenaar in een tijdsbestek van tien jaar, door de ongekende zelfwerkzaamheid van Herman en Esther Oskam (met assistentie van vele anderen) van een 'dode molen' tot een schitterend maalvaardig monument geworden en was daarna zeer vaak in bedrijf te zien.

In de zomer van 2009 verkocht de familie Oskam de molen; inmiddels wordt deze door de nieuwe eigenaren bewoond.