Op 29 oktober 1803 werd de bouw van de molen aanbesteed. Het metselwerk moest op 15 augustus 1804 gereed zijn. Leendert van der Starre uit Zevenhuizen klaarde die klus voor in totaal 947 guldens en 16 stuivers.
(N.B. Leendert van der Starre is geen onbekende in de molenwereld: hij verrichtte ook aan drie molens van de bekende groep van Aarlanderveen - voortreffelijk - metselwerk aan waterlopen en onderbouw).

In 1863 werd het ambacht Broek opgeheven en werden de molens eigendom van de toen gestichte Oostpolder in Schieland. In 1904 werd bij de Mallemolen een gemaal geplaatst met een Deutz-zuiggasmotor gebouwd, dat een centrifugaalpomp aandreef. Het vermogen was 22 pk. Kort daarna, in 1907, werd de molen onttakeld om dienst te gaan doen als woning voor de machinist. De andere molen van de polder, de Moordsche Wip, was al onteigend vanwege de bouw van de spoorbrug over de Gouwe en verdween in 1907 geheel.
Opmerkelijk aan de Oostpolder is, dat deze zich in Schieland bevond, maar uitwaterde op Rijnlands boezem.

Door het graven van het Gouwekanaal begin jaren '30 werd de Oostpolder doorsneden. Aan de westzijde van dat kanaal werd om die reden een nieuw gemaal gebouwd.
Het nieuwe bemalingsgebied dat ontstond wordt omsloten door het Gouwekanaal, de Kromme Gouwe, de Turfsingel en de Hollandse IJssel; min of meer de huidige wijk Korte Akkeren. De Mallemolen heeft thans een echte (hulp)bemalingsfunktie voor dit gebied; via een vrij lange voorboezem wordt uitgeslagen op de Kromme Gouwe.

Plannen tot completering van dit molenrestant ontstonden pas bijna 100 jaar na de onttakeling, toen de verpauperde woningen in de buurt werden gesloopt en daar geheel nieuwe koopflats zouden worden gebouwd. Een herstelde molen naast een nieuwe wijk kon als het ware dienen als 'slagroom op het gebakje' (zoals dat ook eerder met De Salamander in Leidschendam was gebeurd). Dat deze molen, ondanks bepaald forse afmetingen, dan toch op voorhand gedegradeerd was, deed er blijkbaar minder toe.

Nadat de stenen romp was hersteld, werden op 21 april 2010 kuip, delen van het binnenwerk, kap, staart en roeden aangebracht. Het staande werk is vervaardigd door molenmakerij De Gelder te Sliedrecht; het gaandewerk door Verbij te Hoogmade.

Vlakbij de molen staat ook nog steeds het gebouw, waarin zich lang het poldergemaal bevond. Bij elkaar een mooi stukje waterstaatgeschiedenis.