De Fluitpolder wordt voor het eerst vermeld in 1641 onder de naam "de fluytermolen".

In 1662 werden enige particuliere poldertjes aan de polder toegevoegd met toestemming van het HHR Rijnland, en werd er een nieuwe molen gebouwd, lozend op de Dobbewatering. Afspraak was dat men gelijktijdig met de Duivenvoordse poldermolen zou malen.

In 1878 werd de polder van 81 ha gecombineerd met de Duivenvoordse, de Veenzijdse en de Raephorster polders.
Bron: Voorschoten historische studiën, 1971. Met dank aan H. van der Kaay.

16-05-1878: Opregte Haarlemsche Courant
Dingsdag den 28sten Mei 1878, des middags ten 12 ure, zal te Voorschoten, ten huize van den Heer W. C. Biben, door den Notaris D. K. J. SCHOOR, aldaar, in het openbaar voor afbraak worden verkocht: 
De FLUITPOLDERMOLEN, staande onder Veur.

De DUIVENVOORDSCHE POLDERMOLEN, staande onder Voorschoten, voorzien van ijzeren bovenas en dito scheprad. Alsmede: 
De ROEDEN, IJZEREN AS, SCHEPRAD en verder BINNENWERK van den VEENZIJDSCHEN POLDERMOLEN  onder Wassenaar, liggende op het Erf van dien Molen. 
Al het voormelde is acht dagen vóór de verkooping te zien.