De Sint Anthoniepolder werd reeds in 1357 bedijkt en is daarmee de oudste polder van de Hoeksche Waard. Ook liep deze polder niet onder tijdens de veelverwoestende St. Elisabethsvloed van 1421 en om deze reden staat hier nog een zeer oud kerkgebouw. 
Al vroeg kende de polder windbemaling: de oudste vermelding van een molen is uit 1514. In 1637 werd deze molen vervangen door een nieuwe (wip)molen, die op zijn beurt in 1749 wegens bouwvalligheid werd vervangen door een ronde stenen molen, de huidige. 
Het bouwbestek uit 1749 is nog aanwezig. Waren er eerst eikenhouten schaliën op de kap, bij een grote onderhoudsbeurt in 1842 werden deze vervangen door een rietdek.

Zoals gebruikelijk vonden er in de 19e eeuw veel technische verbeteringen plaats: de houten bovenas, roeden, wateras en scheprad werden vervangen door ijzeren exemplaren. De nu nog aanwezige gietijzeren bovenas uit 1842 behoort tot de oudste van het land. Zeldzaam echter is de constructie van de kap: alle belangrijke constructiedelen (voeghouten, windpeluw, lange spruit en staart) zijn hier in ijzer uitgevoerd. Het toenmalige polderbestuur was hierin bepaald vooruitstrevend. 

Doorslaande muren zijn bij stenen molens een veel voorkomend euvel. Om dit tegen te gaan werden molens vaak voorzien van een teerlaag. Tot voor kort was het mode om molens na een restauratie zo “mooi” mogelijk, dus met schoon metselwerk, op te leveren en werd de teerlaag verwijderd. Één van de charmes van deze molen is dat men ook nu nog aan zijn zwart geteerde romp kan aflezen dat in het verleden de functionaliteit als werktuig voorop stond.
In en om de Polderse molen is ondanks alle technische verbeteringen het authentieke 18e eeuwse karakter goed bewaard gebleven. Bij veel molens werd de woning zo goed mogelijk aan de eisen van de tijd aangepast, hier echter is de oorspronkelijke woonruimte nog in alle eenvoud aanwezig. Het kamertje (ca. 12 m2 ) voorzien van een bedstee, deed dienst als slaapkamer, huiskamer en keuken. Verder is er nog een slaapzoldertje met twee bedsteden.

In 1935 werd bij de molen een elektrisch hulpgemaal geplaatst. Tot ongeveer 1957 werd de windkracht nog zoveel mogelijk benut. Hier werd gemalen door verschillende molenaarsgeslachten, zoals Weeda, Tol en Ottevanger. Laatste vakmolenaar was Siem Verrijp; hij was ook machinist.

Na de buitengebruikstelling raakte de molen in verval. Tussen 1974 en 1977 werd een grote restauratie uitgevoerd, waarbij de molen ook weer geheel maalvaardig werd. Inmiddels was het polderpeil zodanig verlaagd, dat scheprad en waterlopen verdiept moesten worden.

Zo'n 30 jaar later, maart 2006, werd de molen in verband met ingrijpend herstel onttakeld. Niet alleen moesten diverse onderdelen, zoals staart en roeden, vervangen worden; de stenen romp was hier en daar erg slecht en moest grondig worden gerestaureerd. Het unieke ijzerwerk van de kap werd zoveel mogelijk opnieuw gebruikt, vervangen werd alleen in uiterste noodzaak gedaan.
In maart 2008 werd de geheel herstelde kap geplaatst; daarna werd de staart afgehangen. Kort daarna was de molen weer maalvaardig.
Begin 2015 heeft men de vang grotendeels vernieuwd en daarbij geheel scharnierend gemaakt. Vangen van deze molen gold tot die tijd als lastig. 

Het waterschap Hollandse Delta zet deze molen bij wateroverlast nogal eens in. Maar ook buiten extreme situaties is de molen vaak in bedrijf, de capaciteit is bij flinke wind namelijk ruim het dubbele van het volautomatische gemaal dat de polder bemaalt, namelijk ca. 80 M3 per minuut.