Na de brand van de voorganger werd deze molen gebouwd. Op 12 mei 1890 werd een openbare inschrijving georganiseerd, waarna de fa. Wed. Melman uit Warmond met ƒ 5375 de laagste inschrijver bleek en de herbouw kreeg toegewezen. Die bouwde de nog bestaande molen. De bemaling van de Munnikkenpolder werd zolang overgenomen door de molen van de naastgelegen Zijllaan en Meijepolder. Het bestuur van die polder kreeg daarvoor ƒ 30 extra, en molenaar Rasser ƒ 20.

De Munnikkenmolen bleef in bedrijf tot 1958; toen werd naast de molen een dieselgemaal werd gebouwd. Daarna werd er maar af en toe nog gemalen.

In 1964 werd de gemeente Leiderdorp eigenaar. In de jaren '70 en '80 raakte de Munnikkenpolder vrijwel geheel volgebouwd en gingen omgeving en windvang dramatisch achteruit.
Tot ongeveer 1980 investeerde de gemeente behoorlijk; daarna volgde verwaarlozing en stond de molen, tenslotte met kale roeden, jaren stil.
Nadat er vaak over verplaatsing werd gesproken, werd de molen in 2002/2003 toch geheel op de eigen locatie opgeknapt en daarna weer af en toe aan het draaien gebracht. Vanwege de slechte omgeving kon dat feitelijk alleen bij W of NW-wind gebeuren.

In de zomer van 2010 werd besloten dat de molen zou worden verplaatst naar de uiterste hoek van de Munnikkenpolder op de hoek van de Dwarswetering (waar hij oorspronkelijk ook aan stond) en de Does. Begin december 2011 werden palen geslagen voor de nieuwe fundering, in april/mei 2012 werd de molen verplaatst.

Bron: Nederlandse Molendatabase.