Ter plaatse van de huidige stenen grondzeiler stond vóór 1844 een wipmolen, die ook een verleden had: op 24 november 1588 was in een vergadering van het plaatselijk bestuur besloten tot de bouw van een nieuwe molen.

Op 23 augustus 1843 brandde deze wipmolen door blikseminslag af. Er werd besloten een ronde stenen grondzeiler te laten bouwen naar een door Leendert Roodnat uit Sliedrecht te maken bestek. Roodnat bleef ook daarna als opzichter bij de bouw van de molen betrokken en verzorgde de aankoop van materialen. Van 26 augustus 1843 tot 1 mei 1844 was hij als zodanig in dienst, waarvoor hij ƒ 423,-- ontving.
Als metselaars van de romp werden genoemd Dirk Verheul uit Giessendam, Dirk Luthart en Anthony de Kovel. Dagelijks opzichter van het metselwerk was Wouter Jacobus Versteeg uit Sliedrecht. Er zouden in totaal ongeveer 248.000 stenen in de molen zijn verwerkt die waren gekocht bij de Gebr. ‘t Hooft in Dordrecht. De stenen werden per schip aangeleverd in 21 partijen met een wisselende hoeveelheid van 3.000 tot 26.000 stenen per vracht voor een totaalprijs van ƒ 1.228,85. De benodigde tras en kalk werd geleverd door Penn & Bauduin uit Dordrecht. Het voegen van het metselwerk werd uitgevoerd door M.J. Verhey uit Sliedrecht.

De overige onkosten bestonden in hoofdzaak uit de volgende leveranties en arbeidslonen:
- P.W. Hesmery, Dordrecht, voor geleverd staal en ijzer ƒ 83,--;
- het door Jan Schouten uit Dordrecht leveren van een grenen roede ƒ 350,--
- door houthandelaar Fop Smit geleverd hout ƒ 3.318,80;
- smid Jan PoIs (Vuilendam) voor geleverd smeedwerk ƒ 300,--;
- door Gerrit van der Laan uitgevoerd timmerwerk ƒ 1.440,--;
- voor de leverantie van materiaal en arbeidsloon, buiten het bestek om, aan Gerrit van der Laan ƒ 264,35;
- door smid Jan Mes uit Nieuw-Lekkerland geleverd ijzerwerk ƒ 29,30;
- voor het leveren en stellen van een ijzeren scheprad door ijzergieterij De Waal & Van Driest uit Utrecht ƒ 898,50;
- het leveren van een grenen spil door Amoldus de Groot uit Dordrecht ƒ 130,--;
- voor het leveren van zand door W. Vlot uit Bleskensgraaf ƒ 12,--;
- voor het leveren van verfstoffen door N.C.M. van Someren Brand uit Dordrecht ƒ 14,90;
- voor de leverantie van ijzer en staal (waaronder de bovenas) door de Nederlandsche Stoom Boot Maatschappij te Rotterdam ƒ 935,31.
De totale bouwkosten waren volgens bet bestek begroot op ƒ 12.706,--.

Op 7 mei 1926 besloot het polderbestuur, na uitgebracht advies van M.F. Visser uit Delft, in de molen een elektromotor van 60 pk. te plaatsen die door middel van een overbrenging het scheprad kon aandrijven. Hierdoor was men minder afhankelijk van de wind en van de andere molen die deze polder bemaalde. In 1927 werd die molen, de Westeindse Molen, dan ook gesloopt.
Nadat in 1975 de bemaling van de polder werd gecombineerd met de polder Giessen-Oudebenedenkerk heeft men de elektromotor verwijderd.

In 1971 kocht de gemeente Molenaarsgraaf de molen voor ƒ 1,--, waarna in het jaar daarop ingrijpende herstellingen werden uitgevoerd: repareren van roeden en staart, opnieuw ophekken van het wiekenkruis, gedeeltelijk vernieuwen van het riet op de kap, nieuwe windpeluw en voorkeuvelens en herstellingen aan het metselwerk van de romp.

Door verscheidene kleinere reparaties bleef de molen ook nadien flinke financiële offers vragen van de gemeente. Om die reden wilde het college van B&W in juli 1983 de molen voor ƒ 1,-- verkopen aan de SIMAV. De meerderbeid van de raad kon zich hier echter niet in vinden. Er werd een fonds gevormd, gevoed door de saldireserves van de gemeente, van waaruit de onderhoudskosten zouden worden betaald. In de daaropvolgende jaren zijn grote bedragen uitgegeven aan onder meer het waterdicht maken van de romp en het aanbrengen van een nieuw wiekenkruis.

Op 1 juni 1987 besloot de gemeente Graafstroom waarvan Molenaarsgraaf sinds 1 januari 1986 deel uitmaakte (en die veel later op zou gaan in de gemeente Molenwaard), de molen toch in beheer te geven bij de SIMAV. Gelijktijdig met de overdracht van de molen werd ook de naastgelegen molenaarswoning, tot dan eigendom van het hoogheemraadschap, voor ƒ 1,-- overgedragen.

In 2023 kreeg de molen geheel nieuwe riet op de kap, dit nadat ook reparaties waren verricht aan voorkeuvelens en spruitenkisten. 

Een paar opmerkelijke details:
De staven van het onderschijfloop zijn in gietijzer uitgevoerd en daarbij niet rond, maar ovaal van vorm.
Evenzo opvallend is dat deze grote molen slechts één toegangsdeur heeft (en daar zit een gedachte achter): de tweede deur werd in 1926, toen de motor werd aangebracht en gedacht dat er toch veel minder op windkracht zou worden gedraaid, gedeeltelijk dichtgemetseld en gereduceerd tot raam.
Deze molen kan met zijn niet zozeer grote maar wel zeer brede scheprad enorm veel water geven.