De oudste vermelding van een molen op deze plaats dateert van 1527. De molen bemaalde oorspronkelijk tezamen met de Sliklandse molen het polderdeel Zuidzijde. De Sliklandse molen, een zeer grote wipmolen, werd afgebroken in 1927. Tot in de jaren vijftig werd het peilgebied Zuidzijde (630 ha.) door de Peilmolen in combinatie met een motorgemaal bemalen.
Tot 1861 fungeerde de molen tevens als baak- of peilmolen voor het waterschap de Nederwaard. In 1861 werd die functie overgenomen door de Noordelijke Kooiwijkse Molen.

Tussen Kerstmis en Nieuwjaar 1817 brandde de oude Peilmolen door onbekende oorzaak af. Besloten werd in plaats van een wipmolen een ronde stenen grondzeiler te laten bouwen. De bouw werd in maart 1818 aangenomen door Jan van ‘t Hoff uit Overschie voor ƒ 8.200,--. Er werd bepaald dat de bovenas, de wateras en de beide roeden buiten het bestek bleven omdat de leverantie van deze onderdelen al was aangenomen door houthandelaar Fop Smit voor ƒ 1.100,--. Als opzichter voor het metselwerk trad Willem Breedveld op voor twee gulden per dag. Hij was vijftig dagen als opzichter bij de bouw van de romp betrokken. Kennelijk ging niet alles van een leien dakje, want Van ‘t Hoff ontving nog ƒ 450,-- ‘wegens eenig werk aan dezelve molen buiten het bestek, alsmede het repareeren van de steenen bak’. Kennelijk was de wielbak beschadigd of lek, een ongemak dat gezien de vele en vaak hoge rekeningen hiervoor in de verschillende polderarchieven nogal eens voorkwam. Uiteindelijk beliepen de bouwkosten ƒ 10.316,35.

In 1961 werd door de polder een beperkt restauratieplan opgesteld. Dit werd niet meer uitgevoerd: op 16 februari 1968 werd de SIMAV voor het symbolische bedrag van ƒ 1,-- eigenaresse, met de verplichting de molen te restaureren.
Het herstel werd kort daarop ter hand genomen: wiekenkruis, voeghouten, bladen van het scheprad, rietbedekking op de kap en de staart werden vernieuwd. De restauratie werd uitgevoerd door de firma J. de Gelder uit Oegstgeest. Het interieur werd gedaan door het plaatselijke aannemingsbedrijf Nijhof. Uiteindelijk kon de molen in de zomer van 1971 officieel in gebruik worden gesteld.

In de zomer van 1989 werd de buitenste steenlaag van de romp grotendeels verwijderd en vervangen door nieuw metselwerk. Dit in een poging het al jaren slepende probleem van doorslaande muren te verhelpen.
In september 2005 werd de molen stilgezet vanwege een zeer slechte lange spruit. In maart 2006 was dit probleem verholpen en op 25 maart kon de molen voor het eerst in een half jaar weer meedoen.
Helaas moest, onder meer vanwege diverse mankementen aan het gevlucht, de molen in september 2007 wéér worden stilgezet.

In mei 2010 is de buitenroede kaalgezet en begonnen met een ingrijpende restauratie. Niet alleen moesten beide roeden worden vervangen; ook het kruiwerk (rolvloer plus rollenwagens) heeft men geheel vernieuwd. Verder zijn diverse balken voorzien van nieuwe koppen van kunsthars. De geklonken ijzeren windpeluw, die door roestvorming sterk was aangetast, is vervangen door een geheel nieuw geklonken exemplaar. 
Op 23 maart 2011 werden de oude roeden gestreken en de nieuwe direct daarna gestoken. In september werd de molen opgeleverd. Sinds 5 september 2011 was er weer sprake van een volledig maalvaardige molen. 

Tóch was het verhaal van alle tegenvallers hiermee nog niet af: in het voorjaar van 2012 bleek het onderwiel in te slechte staat om nog te kunnen functioneren. In oktober 2013 werd dit wiel grondig hersteld zodat daarna weer volop kon worden gemalen.