Het oorspronkelijke bouwjaar van deze houtzaagmolen is niet precies bekend. Archivaris J.R. Persman (van de provincie Noord-Holland) kwam op grond van oude transport(=verkoop-)acten tot de conclusie, dat er al rond 1640 een zaagmolen op deze plaats stond; ook op enkele kaarten uit die tijd staat reeds een 'saeghmolen' vermeld. 
Bij de restauratie van 1992-1993 werd in één van de vervangen delen van de kruivloer de inscriptie '23-8-1776' gevonden. Gezien de gehele constructie is het niet onmogelijk dat de molen inderdaad uit dat jaar dateert. In dat geval zou de huidige molen een opvolger zijn van een eerder gebouwd exemplaar.
Feit is dat tot in de twintigste eeuw er, behalve de namen van eigenaren, vrij weinig over deze molen bekend is.

Omstreeks 1926-1927 werd bij de molen een elektrische zagerij in gebruik genomen. Eigenaar was toen de houtzager Aart Staal. Hij verkocht zijn molen aan de jonge Vereeniging De Hollandsche Molen en zaagde zo nu en dan nog op windkracht. Helaas: Staal redde het niet en ging failliet. Daarna werd de firma Bethlem & Sneeboer de nieuwe huurder, maar al spoedig gebruikte die alleen nog de elektrische zagerij. 
In de jaren 1949-1957 is de molen overgedragen geweest aan de Stichting Nehim Molen De Eenhoorn.

De molen werd vanaf de restauratie in 1966/67 tot 1986 eens per maand in werking gesteld; in dat laatste jaar werd het beheer van de molen overgedragen aan de Stichting Molens Zuid-Kennemerland en sindsdien is de molen vaker in bedrijf.
Geleidelijkaan hebben vrijwilligers van de SMZK het zaagwerk hersteld, waardoor rond 1990 weer gesproken kon worden van een maalvaardige molen.

In 1992/93 volgde dan flink herstel aan de hoofdconstructie, zoals de koningsstijl en de onderbouw en werd de conische beplanking van de linkerzijde in ere hersteld.
Vervolgens is jarenlang op vrijwillige basis gedraaid, waarbij meestal ook werd gezaagd.

In oktober 2015 bleek bij onderhoud dat de keuning aan het verzakken was, dit vermoedelijk omdat de fundering het niet meer aan kon. Als gevolg werd de molen voor onderzoek stilgezet. Na uitvoerige werkzaamheden in 2016 was het hart van de molen weer zodanig ondersteund, dat er weer gekruid en dus ook gedraaid en gezaagd kon worden.
Evenwel is later besloten dat er toch aan de fundering gewerkt moest worden: 7 maart 2019 startte de molenmaker met het vervangen van de hoofdfundering midden onder de molen en dat hield nogal wat in: er werden enige funderingspalen bijgeperst en de gemetselde muur werd grotendeels gesloopt en daarna in beton vervangen. Het hart, diep en centraal onder de molen gelegen, is min of meer vernieuwd. Intussen stond de molen opgeblokt op de ringmuur (en was al die tijd uiteraard niet draai- of maalvaardig).
In het najaar was 2019 was deze klus, vermoedelijk de ingrijpendste (en minst zichtbare!) die deze molen ooit heeft ondergaan, achter de rug en kon de molenaarsploeg de draad weer oppakken.

In de loop van 2021 bleken beide inmiddels 55 jaar oude roeden aan vervanging toe. Halverwege dat jaar zette men de molen om die reden stil. Daarna werd gewerkt aan de financiering van nieuwe roeden. 
Deze werden in 2023 geproduceerd en in december 2023 gestoken. Voor de jaarwisseling was de ophekking al min of meer gereed. 

De Eenhoorn is een wat uitzonderlijke paltrok, omdat hij oorspronkelijk was uitgerust met vier in plaats van de gebruikelijke drie zaagramen. Daarom heeft hij, van voor naar achter gezien, ook een wat grote breedte. Later is het achterste zaagraam van de zaagvloer weggehaald om het vervolgens, met een gewichtenbak ter verzwaring, horizontaal op de zolder te laten meedraaien. Het kon immers voor de balans niet worden gemist.

De bovenas van deze molen is zeer waarschijnlijk gestoken in 1897. Uit eerdere jaren zijn enige foto's bekend van de molen met nog een houten as. Op grond van de ster op de walpenplaat lijkt dit een as van de Grofsmederij te Leiden. In dat geval kan de as origineel voor deze molen zijn besteld; het is echter ook mogelijk dat deze as een sloop-as is. 

Eigenaren van De Eenhoorn: 
1776-1783 erven Willem Vriends en Vincent van Oukerke
1783-1810 Vincent van Oukerke
1810-1821 weduwe Catharina van der Vlugt
1821-1824 Jan Kapteijn en Egbert de Vries
1824-1829 Jan Kapteijn
1829-1846 kinderen Kapteijn
1846-1873 Petrus Verdegaal
1873-1885 erven Verdegaal
1885-1912 Corstiaan Bos en Gerardus Bos
1912-1923 Andries van Gein (pachter) 
1923-1924 Solko Walle Hoekstra
1924-1927 Aart Staal
1927-1949 Vereniging de Hollandsche Molen
1949-1958 Stichting NEHIM Molen de Eenhoorn (=Fa. Rote Amsterdam) 
1958-1963 Vereniging de Hollandsche Molen
1963-heden Gemeente Haarlem