De molen behoorde, evenals zijn voorgangers, van oudsher tot de goederen van de halve heerlijkheid Lienden, die in bezit was van de heren, later graven van Culemborg. Hij is de opvolger van een standerdmolen, die in januari 1643 was omgevallen en vernield.
Op last van de graaf van Culemborg, Philips Theodoor van Waldeck, werd de tegenwoordige molen gebouwd. Op 29 januari 1644 werd de voltooide molen te Lienden door de molenmeester Henrick Aertss. uit Utrecht geïnspecteerd en in orde bevonden. Via adellijke eigenaren (tot 1810) en daarna particulieren kwam de molen in 1879 in bezit van de familie Van Harn.

In 1939-1940 werd de molen grondig gerestaureerd (zo maalde deze daarvoor al een tijd met één roede) en werden Van Bussel stroomlijnneuzen aangebracht. Sindsdien staat ook, op voordracht van jhr. mr. van Rijckevorsel, groot molenvriend en toentertijd bestuurslid van de De Hollandsche Molen, de huidige spreuk op de baard. In 1949 werd het houten rollenkruiwerk vervangen door een Engels.

In 1970 werden de roeden vervangen door nieuwe en dat gold ook de maalstenen: er kwamen nieuwe gatenstenen (die laatste voldeden overigens niet: vanwege tegenvallende resultaten daarmee werden de gaten in 1989 weer opgevuld).

Bij de zeer zware storm van 3 januari 1976 ontstond aanzienlijke schade: kap en wiekenkruis waren toegetakeld, de koningspil afgedraaid, bovenwielskammen gebroken en een koppel maalstenen ontzet. Eén en ander werd enige tijd later hersteld.

In maart 1990 werd begonnen met de laatste grote restauratie. Doordat de molen naar het westen scheef gezakt was, moest het metselwerk gerepareerd worden; de bovenste meter van de romp werd daarbij grotendeels opnieuw gedaan. 

Rond 1960 was een koppel maalstenen verwijderd, maar de diverse onderdelen bleven in de molen bewaard. Rond 2021 werden de plannen concreet om dit koppel te reconstrueren en in maart 2023 werd dit geplaatst, maar het is nog niet maalvaardig vanwege een gebroken rijn. Overigens is de ligger van dit koppel een opgestorte blauwe steen. 
Niet alleen het maalwerk onderging een verandering: ook het metselwerk is hier en daar grondig nagekeken en opnieuw gevoegd. 

Torenmolen
Qua constructie is dit een zeer opvallende molen: het lijkt een overgangstype tussen de 'klassieke' torenmolen en de latere ronde stenen bovenkruiers.
In dit verband moet worden opgemerkt, dat er bewijs is dat de molen een staart heeft gehad; er zijn in ieder geval bij de bouw onderdelen voor geleverd: een oude bestellijst van bouwmateriaal bleef bewaard. Hier werden een aantal masten besteld (voor de staart en de schoren) alleen was er geen lange spruit besteld. Dit omdat twee verlengde roosterhouten als lange spruit dienst deden (alle roosterhouten staan ook haaks en niet radiaal op de voeghouten). Dit liep zo zwaar dat de staart goed ondersteund moest worden. Op het zuidwesten is het slijtspoor inderdaad ook vrij diep in de muur. Op enig moment moet de molen alsnog verbouwd zijn tot binnenkruier. Dat binnenkruiwerk doet denken aan dat van een Noord-Hollandse molen en in het geheel niet aan dat van de (veel oudere) torenmolens van Zeddam en (gereconstrueerd) Zevenaar.