Op Ameland hebben in het verleden vele molens gestaan. Er was een octrooi voor nodig om een molen in bedrijf te mogen hebben. Zo'n octrooi werd afgegeven door de Heer van Ameland. In 1629 werd aan Watze Jacobs octrooi verleend om in de Nesserduinlanden een molen op te richten. Het octrooi werd verleend 'ten gerieve van de inwoners van Nes'. De jaarlijkse pacht bedroeg ƒ 60,--. De betreffende standerdmolen werd in 1757 voor ƒ 5300,-- verkocht.

Omstreeks 1800 werd Pieter Tiemens Boelens eigenaar van de molen. In de oudejaarsnacht van 1833 werd die molen tijdens een hevige storm omver geblazen. Boelens liet nog hetzelfde jaar door molenbouwer A.G. Borsch van Leeuwarden een nieuwe molen bouwen. Deze molen kreeg de naam 'De Hoop'.
Deze molen werd evenwel geen 50 jaar oud: op 20 juni 1880 werd hij tijdens een onweersbui door de bliksem getroffen en brandde geheel uit.
Wederom liet de eigenaar, nog altijd een Boelens, een nieuwe molen bouwen: molenmaker was dit keer Van der Meer uit Harlingen. Boelens gaf zijn nieuwe molen de naam 'De Phenix'. 

In 1951/52 onderging de molen uitvoerig herstel en kreeg onder meer een stel andere, tweedehands, roeden.

In 1980 werd de molen aangekocht door de gemeente Ameland. Na een flinke restauratie, waarbij onder meer de roeden werden vernieuwd, werd de molen in 1981 in beheer overgedragen aan de stichting Korenmolen De Phenix.

De molen kende tot 1980/81 géén steenkraan: de steen werd gelicht met een windas met jijnblok en touw. Deze inrichting is nog compleet aanwezig, samen met de leidzame wiggen en rollen en wordt nog steeds gebruikt voor het lichten van de steenspil. De steen zelf wordt inmiddels wel met een kraan gelicht.

Op 14 december 2018 zijn beide roeden gestreken in verband met restauratie. Later zette men de kap naast de molen neer omdat daarmee het nodige moest gebeuren: zo was de windpeluw niet best meer.
Los van het werk aan de molen waren er plannen om de molen te verhogen, dat wil zeggen: de grond onder de molen sterk aan te vullen en aldus beter in het zicht en de wind te laten komen. Later zag men hiervan af en bleef de molen dezelfde grondzeiler die hij sinds 1880 is.
Op 21 juni 2019 werd de herstelde kap weer geplaatst, direct gevolgd door de roeden.

Vroeg in 2021 was men evenwel bezig met het maken van een kelderruimte onder de molen: visueel zal deze molen grotendeels dezelfde blijven maar er vindt evengoed wel een verbouwing plaats. In de nieuwe kelderruimte wilde men een oliewerk bouwen en dat is inmiddels gerealiseerd.
Begin 2022 was dit oliewerk maalvaardig en molenaars van De Passiebloem te Zwolle hebben dit vervolgens ingewerkt. De bedoeling is dat hier olie wordt geslagen om onder meer zeepproducten te leveren voor toeristen. Het één en ander moet nog verder zijn beslag krijgen maar het nieuwe begin is er.