Den Arend is in 1869 gebouwd ter vervanging van een wipkorenmolen.
Timmerman Van der Straaten en de metselaar Van den Oever kregen de bouwopdracht. De fundering kwam te rusten op 66 palen van ruim 14 meter lang, aan elkaar gehecht "met dubbele kruigen of kloosterhouten". In de molen werden vijf hele en twee halve zolders aangebracht met nog een zolder in de kap. Er waren twee maalzolders, met in totaal vier koppel stenen, waarop verschillende granen gemalen konden worden.

Voor het gaandewerk werd bij de bouw gebruik gemaakt van dat van de voorganger, de wipkorenmolen en dat is goed te zien: het spoorwiel is zeer klein; de staakijzers zijn buitengewoon lang. Curieus is de maalstoel: de basis wordt gevormd door een paar draagbalken, gemaakt uit de houten roeden van diezelfde voorganger!
De ijzerbalk in de kap is de voormalige staartbalk; de vangbalk is een hoekstijl van het bovenhuis en de penbalk is een oude burriebalk (de 'afdruk' van de zetel is aan de onderzijde nog steeds te zien).

In 1935 voerde ir. Fauël hier experimenten uit met zeilen, afkomstig van zijn eigen (kleine) zeilboot. Dit alles droeg sterk bij aan de ontwikkeling van het fokwieksysteem, vlak na de Tweede Wereldoorlog. Het werd een wiekverbetering die daarna op zeer veel molens is toegepast (maar niet op deze molen!).

De molen bleef tot kort voor de Tweede Wereldoorlog in gebruik. In 1954 kocht de gemeente Bergambacht hem aan. In 1957/58 vond een volledige restauratie plaats (waarbij onder meer tweedehands roeden, afkomstig van het korenmolentje te Kamperland (Zld.), werden gestoken). De molen kwam evenwel niet meer in bedrijf. 
Pas in de loop van de jaren '70 van de 20ste eeuw werd weer op vrijwillige basis met de molen gedraaid. 
Nog later werd door het toedoen van Willem Roose steeds vaker ook gemalen. Met name toen De Roode Leeuw te Gouda, ook door Roose bemalen, door omstandigheden een tijd niet kon malen, was Den Arend veelvuldig in bedrijf.

In april 2007 volgde stilzetting vanwege een flinke restauratie: boktor- en houtwormbehandeling, nieuwe staartbalk, nieuw riet op de kap, ijzeren platen op kruivloer, onder- en overring en een grote schilderbeurt. Er waren daarbij enige tegenvallers: de koppen van voeghouten en steunder moesten aan de voorzijde worden aangestort met kunsthars en de kuip bleek slechter dan verwacht, evenals beide spruiten. In maart 2008 kon er weer worden gemalen.

In het late najaar van 2011 braken tijdens het malen twee spoorwielkammen en vijf staven van het schijfloop van het 17der koppel. Het geheel was inmiddels ook tamelijk sleets geworden. De spoorwielkammen waren spoedig hersteld; gemalen werd tijdelijk alleen met het 16der koppel. Ondertussen verbeterde men ook de omgeving van de molen door het rooien van een aantal bomen op ZW. 

In 2014 stond de molen geruime tijd stil vanwege nieuw herstel: zo werd het metselwerk onder de stelling opnieuw gevoegd, de stelling grotendeels vernieuwd en herstelde Wim van der Wal uit Alblasserdam het historische gaandewerk op zeer secure wijze (o.a. nieuwe kammen en staven in spoorwiel resp. steenschijf van het koppel 17der blauwe). 

Tot de restauratie in 1957 had deze molen nog houten roeden, merkwaardig voor een in 1869 gebouwde molen van deze grootte in dit deel van het land. De tamelijk dichtbij gevestigde fa. Pot maakte destijds immers al volop ijzeren roeden. Het is aannemelijk dat de in 1957 vervangen - en zeer fraai gemaakte - houten roeden de originele uit 1869 waren.

Opmerkelijk is, dat de gemeente Bergambacht de molen jaren in eigendom had, maar uiteindelijk verkocht aan een particulier. Een particulier overigens, die deze molen prima tot zijn recht deed komen.