Nadat zijn oude pelmolen in de nacht van 4 op 5 november 1808 door brand was verwoest, kocht Johannes Arjens van der Werf op 30 mei 1809 op een veiling pelmolen De Eendragt uit Oostzijderveld bij Zaandam. In zijn opdracht werd de molen afgebroken en per schip naar Friesland gevaren. Toen de bouw van een woon- en pakhuis werd aanbesteed op 23 mei 1810 was de molen al gereed.
In 1830 deed Johannes de dagelijkse leiding van de molen over aan zijn schoonzoon Simon Wiarda. Op 12 juni 1835 zette Johannes de molen te koop in de Leeuwarder Courant. De omschrijving was zeer uitgebreid:
"Een' kapitalen, In het jaar 1810 nieuw gestichten PELMOLEN, met WOONHUIS en PAKHUIS, Ingerigt tot berging van 55 à 60 lasten Graan, zoo wel gefabriceerd als ongefabriceerd, TUIN en verdere annexen, staande en gelegen aan de Bolswarder Vaart onder Almenum, om Zuid van Harlingen, gekwoteerd met nummer 104, bij den Heer Johannes A. van der Werf, als eigenaar in gebruik, en steeds met het beste succes gedreven; zijnde de Molen in allen opzigte zwaar gebouwd en betimmerd, de Kruisbalken ieder met twee zware Atkers [ankers, Red.] door de Stijlen, met Plaat en dubbelde Splissen gesloten; het onderste achtkant met dubbelde Kruisen en Banden; De Hekradszolder, de voornaamste plaats waar kracht geoefend moet worden, voorzien van twee laag Kruisbalken digt op elkander, waarin de IJzerbalken sluiten en de Donsbalk zich vereenigt; de Looi- en Kapzolder sterk betimmerd , met twee rondloopende zware eiken Banden om de Stijlen gekeept, en met Bouten gesloten. Voorts is de Molen onder de Stelling hoog 9 el 6 palm, het vierkant buiten het Stijlwerk om, met eenen steenen muur omtrokken, tot aan het Rietdak toe met 2, 1½ en ½ steen; hebbende 23 el 8 palm vlugt, en een extra best gaand Werk, met twee paar 18½ palm en 33½ duims Steenen, en diverse dubbelde Zeverijen, en is beneden van het eerste tot het tweede Taflement, binnen de Stijlen wijd 9 el 6 palm en 9 el 3 palm; en zeer geschikt om, (onverhinderd de Pelderij), een compleet Oliewerk te bevatten en aan den gang te hebben. De Molen met het Pakhuis, den 1 Augustus 1835, en de Huizinge na verloop van der Knechten diensttijd, vrij te aanvaarden."
De molen werd verkocht aan de firma Barend Visser en zoon. Op dat moment werd deze zeehandelsfirma gerund door Margaretha Hendrika Menkes en haar zoons Arius Johannes Rodenhuis en Ypeüs Pieters Rodenhuis.
De rijstmolen werd in 1855 verkocht aan de firma Sjoerd Hannema, toen gerund door broers Jacobus Sjoerds en Leendert Hannema. Molenaar was toen waarschijnlijk Cornelis Burgersdijk uit 's-Gravezande die al sinds 1840 in Almenum woonde. Zin zoon Hendrik Cornelis werkte in 1849 als rijstmolenaarsknecht bij zijn vader en leende van de firma Barend Visser geld om in Witmarsum de koren- en pelmolen De Onderneming te bouwen.
De firma Sjoerd Hannema had naast de molen ook een zoutziederij en een distilleerderij, nu onderdeel van gemeentemuseum Het Hannemahuis. In 1856 werd de naam van de molen, Java, voor het eerst gebruikt in een advertentie voor rijstmeel.
Een windhoos op 5 augustus 1857 richtte schade aan aan de molen: de stelling vloog eraf en de planken werden 200 meter weggeslingerd.
In 1858 overleed Jacobus en werd zijn molenhelft uit de nalatenschap gekocht door Leendert. Kort daarvoor waren er in verband met het (tijdelijk) uitvallen van de Bildtpoortsmolen ook stenen voor het malen van graan in de molen aangebracht.
Op 16 augustus 1860 werd de molen door blikseminslag en brand geheel verwoest. De nabijgelegen cementmolen De Standvastigheid vatte ook vlam, maar kon direct geblust worden.De restanten van de Java, inclusief 2400 pond geborgen beschadigde rijst, werden op 22 augustus verkocht en leverden Leendert Hannema nog 696 gulden op. Molen, gebouwen en rijst waren deels verzekerd tegen brand.
Bronnen:
- "molens, mensen, bedrijven - overzicht van vijf eeuwen Harlinger bedrijfsmolens op windkarcht", drs. D.M. Bunskoeke, Beilen, 2016.
- "Molens in en om Harlingen een rijke historie", door Tj. Severein, 1990. En "Aanvullingen en correcties …" daarop, 2006. Verzameling H. van der Kaay.