Het bouwjaar van de molen is niet bekend, het zou kort na de aanleg in 1655 van de Kalkhaven geweest kunnen zijn. De Dordtse stadsrekeningen vermelden in 1678 dat Balten van Horik en Samuel Naghenius over het afgelopen jaar een recognitie betaalden van ƒ 15 voor het bouwen van een runmolen "staende ende gelegen op t eynde vant eyland buyten de Kalckhaven". 

Vanaf 1726 wordt Jacobus van Dongen in de stadsrekeningen als eigenaar van de runmolen genoemd. Van Dongen had veel last van een grote hoge loods en vreesde voor zijn bedrijf, dat hierdoor schade ondervond. Hij verzocht de gemeente om een beter stuk grond om er een molen te kunnen plaatsen met vrije windvang voor 30 jaar. De molen werd echter niet verplaatst. Na een jaar kon hij de grond van een naastgelegen erf kopen, drie dagen later kon hij ook de grond waar de molen op stond kopen. Vanaf 1742 was de molen ook een trasmolen.

1769 Jacob van Dongen volgde in 1769 zijn overleden vader op, en nadat hij zelf in 1790 was overleden, werd de molen via vererving en onderlinge verkoop in de familie in 1806 eigendom van zijn zus Jacoba van Dongen en haar zoon Hermanus van Beest. 

In 1812 werd er koren gemalen. Hermanus, toen de enige eigenaar, verkocht de molen voor ƒ 12.600 aan molenaar Maarten Vliegenthart en Eimert Hagoort. De molenhelft van Hagoort kwam via Aart de Visser (1818) en Adrianus Gerrit Bremekamp (1848) uiteindelijk in 1853 in handen van Adrianus van Baarle.

Bij vonnis van de arrondissementsrechtbank in 1862 moesten Adrianus van Baarle en de erfgenamen van Maarten Vliegenthart de molen publiek verkopen:

25-10-1862 Rotterdamsche Courant
"Openbare Verkooping te Dordrecht [...] bij Veiling op Maandag den 27 October 1862 en bij Afslag op Vrijdag den 31 October daaraanvolgende [...] van: N.° 1. Een kapitalen, hechten, sterken, goed onderhouden, gunstig gelegen en in volle werking zijnde Achtkanten WIND -KORENMOLEN, genaamd de Eikenboom, met STALLING en ERVE, staande en gelegen te Dordrecht, aan het einde van de Kalkhaven, geteekend letter D n.°179 [...] De Losse GEREEDSCHAPPEN, tot den Molen behoorende, waaronder Paard en Wagen, moeten door den Kooper worden overgenomen tegen Taxatie van twee Neutrale Personen, ter wederzijde een te benoemen. De voormelde Molen is tot over den jare 1864 voor zijn aandeel in eene Uitkoopsom aan de Heeren Hordijk en Gips, als Eigenaars van de Molen de Ooijevaar, belast met eene maandelijksche Uitkeering van ƒ 6.66, en maalt voorts in gemeenschap met de overige Molenaars, zoo als een en ander bij Contracten breeder is gestipuleerd."

De veiling werd een familieonderonsje. Dochter Christina Vliegenthart en haar echtgenoot Barteld Pieters van Wijland kochten de molen. Hij overleed in 1867, zij verkocht in 1878 de molen aan Adriaan van Leest, Gerrit van den Heuvel, Izaak Eliza Redert en Adrianus Vogel, allen broodbakkers in Dordrecht.

In 1883 verkochten zij de molen aan Hendrik Nicolaas Bax, korenmolenaar en wijnkoper. Nog het zelfde jaar ging de molen over aan de smid Karel Willem Herman Hufken, die de molen sloopte en de grond aan de gemeente Dordrecht verkocht.

-----

Het lijkt erop dat de molen voor 1698 al een stellingmolen was geworden, en later werd verhoogd met een vierkante stenen onderbouw. De molen is niet verplaatst, want daarvoor werd geen toestemming verleend.
De red. NSR