Het is niet bekend wanneer de eerste windmolen hier ter plaatse is gebouwd. Wel moet de windbemaling in deze omgeving al zeer vroeg zijn ingevoerd, want op 4 april 1438 werd aan de bewoners van de dorpen Petten, Groede en Kamp vergunning verleend tot de aanleg van een uitwateringssluis en de bouw van een molen.
In 1799 landde hier op de kust een Engels-Russisch invasieleger om een einde te maken aan de in ons land sinds 1795 aanwezige Franse overheersing. Als gevolg van de krijgshandelingen gingen onder andere De Hargermolen en de naburige molens van de Groeterpolder en Pettemerpolder door brand verloren. De Hargermolen werd in 1803-1804 herbouwd, opgeleverd op 18-04-1804. De molen van de Pettemerpolder werd niet meer herbouwd: sindsdien is deze polder verenigd met de Hargerpolder en wordt hij door de molen daarvan bemalen.