Over de stichting van deze molen handelt de uitvoerige Polderbrief van 8 april 1486, waaruit blijkt dat de beide andere molens van Baambrugge-Oostzijdsch toen reeds aanwezig waren. De aanleg van de voorboezem van de nieuwe molen naar de Angstel verving een oude uitwateringssluis aan de Vecht, blijkbaar was het peil van de Angstel lager.
Vermoedelijk was ofwel de vervanging van de Baambrugse molen in 1840 door een achtkant, ofwel die in 1874 van de Oostzijdsche molen, aanleiding om de Loenerslootse molen te verwijderen. Op de topografische kaart van 1811-1832 komt de zuidelijke molen al niet meer voor. Het molenerf is daar nog heel herkenbaar aanwezig, maar staat in de OAT als "tuin", nog wel eigendom van de Oostzijdsche Polder.
De polder heette ook wel Over Baembrugsche Polder, de molen ook wel Zuid-Overbaambrugse Molen.