De Kikkerpolder wordt als waterschap voor het eerst genoemd in 1628 maar is vermoedelijk ouder, want in dat stuk wordt gesproken over een molen uit 1621.
In 1698 werd een nieuwe molen gebouwd, die in 1747 verbrandde. Omdat er geen geld was voor een nieuwe molen, werd de polder tijdelijk samengevoegd met de naastgelegen polder Maredijk.
In 1752 kon de polder wel een eigen molen betalen, waarna de samenvoeging met de Maredijkerpolder werd beëindigd. De molen uit 1752 staat er nog steeds.