De Molen van Sloten is een in 1990 grotendeels nieuw gebouwde molen; alleen het bovenachtkant is gedeeltelijk oud en ook Amsterdams, namelijk afkomstig van de molen van de polder De Watergraafsmeer (of Diemermeer).
Van die molen, gebouwd in 1847 maar reeds in 1878 onttakeld, bleef de (iets ingekorte) romp als woning in gebruik en bleef zo ruim 100(!) jaar staan. Uiteindelijk moest deze als gevolg van de aanleg van een weg verdwijnen en werd daarom in 1981 afgebroken. 
Na die afbraak werden de onderdelen bewaard om te kunnen dienen voor een restauratie of herbouw. Het werd de molen van Sloten, eveneens Amsterdams. 

Voor de (her)bouw van een poldermolen in Sloten waren al tientallen jaren plannen. Pogingen om de 1200 Roe, elders in Amsterdam, naar Sloten overgeplaatst te krijgen strandden in de jaren '60. Die molen bleef, aan één zijde ingesloten, op zijn oude plaats aan de Haarlemmerweg. 

Herbouw van een poldermolen in Sloten, zo was in de loop van de jaren '80 duidelijk geworden, zou eigenlijk alleen zinvol zijn als dit een molen met stelling zou worden, iets wat voor een poldermolen altijd een uitzondering is gebleven.

Bij de oplevering in 1990 te Sloten werd de molen, mogelijk een beetje misplaatst, voorzien van fokwieken, kennelijk vanuit de veronderstelling dat een maalfunctie een daadwerkelijke optie was. Ongeveer 20 jaar later, 26 februari 2010, werden beide roeden gestreken om te worden gerepareerd; ook werden beide lange schoren vervangen. Nadat de roeden opnieuw waren gestoken werden zij, historisch gezien veel beter, uitgerust met Oud-Hollandse ophekking. Daarbij werd ook de kleurstelling drastisch veranderd: roeden en windborden gebroken wit geverfd en voorzomen donkergroen, ofwel de Amstellandse kleuren. Al met al kreeg deze molen zo een echt Amsterdamse uitstraling.

Een flinke maalploeg zorgt ervoor, dat deze molen vrijwel iedere dag bemensd is en zo mogelijk draait. De molen is aangewezen als huis der gemeente, waardoor het mogelijk is in de molen huwelijken te sluiten.

Halverwege 2023 is wel duidelijk dat beide roeden op niet al te lange termijn moesten worden vervangen en dat ook de vijzel een revisie nodig had. De eigenaar ondernam hiertoe actie, onder meer via crowdfunding.
Nieuwe roeden werden besteld en op 29 februari maakte de molen met het oude wiekenkruis zijn laatste rondjes. Zaterdag 2 maart verwijderden de molenaars zeilen en de meeste windborden. 
Afkomende hekkens en borden moesten zoveel mogelijk worden hergebruikt. Nadat het afhekken klaar was, werden op woensdag 6 maart de oude roeden verwijderd en de nieuwe meteen gestoken. 
Nadat nog diverse andere werkzaamheden waren verricht is deze molen op 7 juni 2024 officieel in gebruik gesteld door prinses Beatrix. 

Inmiddels is de molenvijzel uitgenomen om elders te worden hersteld. Daarna zal deze, iets versmald, in de gerepareerde vijzelgoot worden herplaatst.