De vestingstad Brielle is bekend geworden door de inname van de stad door de geuzen op 1 april 1572. Mede door deze herwonnen vrijheid van de Spanjaarden werd in de 17e eeuw een ander vestingsysteem met wallen en grachten aangelegd.
De oude stadsmuren, waar aan bet einde van het Noordmolenslop ofwel de latere Geuzenstraat een houten molen stond, werden gesloopt. Door de uitbouw van de vesting aan de oostzijde werd deze standerdmolen op het Swarte-Waalse bolwerk geplaatst, dat de naam Moolenbolwerk kreeg.
In 1696 werd deze molen vervangen door een grote stenen stellingmolen met de naam Het Vliegend Hert. Deze naam is ontleend aan de molenaarsfamilie Vliegendhart.

Een felle brand in de nacht van 2 op 3 november 1810 legde deze molen in de as. Door snel het vlakbij gelegen Kruithuis te ontruimen, werd de stad voor een ramp behoed. De Brielse bevolking was door de afgebrande korenmolen een tijdje aangewezen op een rosmolen in Hellevoetsluis voor bet malen van het koren voor de broodvoorziening. De in 1811 herbouwde stellingkorenmolen brandde in 1882 opnieuw af en werd niet meer herbouwd.

Bij de laatste grote vestingrestauratie vanaf 1970 werden geen resten van deze molen meer aangetroffen. Wel werden twee van de vier teerlingen van zijn houten voorganger gevonden. De in 1978 opgerichte Brielse Molenstichting 't Vliegend Hert besloot daarop geld in te gaan zamelen via subsidies en giften voor de herbouw van een houten standerdmolen. Ook werden honderden certificaten met een waarde tussen de ƒ 25,-- en ƒ 60.000,-- verkocht, waarmee men 'eigenaar' werd van een bepaald molenonderdeel. Molendeskundige I.J. de Kramer maakte bij het maken van het bestek deels gebruik van gegevens over de oorspronkelijke Brielse standerdmolen. 

Uiteindelijk werd in 1984 de bouwopdracht verstrekt aan een houthandel uit Mill en de molenmakerij Beijk uit Afferden. In september 1986 werd de standerdmolen officieel in gebruik genomen.
De molen wordt beheerd en onderhouden door de in 1978 opgerichte Molenstichting 't Vliegend Hert. Er worden op ambachtelijke wijze granen gemalen en diverse soorten meel verkocht.
 
Twee onderdelen in deze verder geheel nieuw gemaakte molen zijn oud: de gietijzeren kop van de houten insteekas is afkomstig van de stellingkorenmolen De Vlijt te Wageningen (die molen kreeg toentertijd een andere, nieuwe bovenas) en het koppel 15der stenen komt uit de (inmiddels allang weer maalvaardige) molen te Nieuwvliet (Z.Vl.). Een ander detail: het sabel'ijzer', dat vangbalk en sabelstuk met elkaar verbindt, is hier van hout.

In februari 2017 zijn beide roeden gestreken om te worden nagekeken, op 17 maart kon molenmaker Herrewijnen beide roeden alweer steken. Korte tijd later was deze molen opnieuw maalvaardig.