Molen de Put is een replica van de houten korenmolen uit 1619 van Jan Janszn. Put.
Deze laatste liet op het bastion aan het Galgewater de molen bouwen. In 1640 brandde de molen af en werd spoedig daarna herbouwd. In 1729 maakte de oorspronkelijke standerdmolen plaats voor een hoge stellingmolen, vergelijkbaar met de nog bestaande Leidse molen De Valk en had als naam De Korenmolen. Deze molen werd reeds in 1817 gesloopt en niet ter plekke vervangen door een andere molen.
In 1982 vonden archeologen paalfunderingen van het achtkante molenbolwerk.

Ter gelegenheid van het 25-jarig bestaan van de Rijnlandse Molenstichting (januari 1983), werd het idee gelanceerd om op het voormalige bastion een standerdmolen te herbouwen.

De herbouw van de molen naar oorspronkelijk model vond plaats in 1987, na onder meer een succesvolle actie onder de Leidse bevolking. Sindsdien is de molen veelvuldig in bedrijf, voornamelijk als toeristische trekpleister, maar er wordt ook gemalen.

Intussen is de trap een keer geheel vernieuwd; in 2014 werden de roeden doorgeschoven en alle wiggen en keerklossen vervangen.
In de zomer van 2018 zette men de molen in de steigers vanwege herstelwerkzaamheden, waaronder een behandeling tegen houtworm en bonte knaagkever. Na oplevering was de molen weer geregeld draaiend en ook malend te zien.

In het late najaar van 2019 begon de molenmaker met nieuw ingrijpend herstel: de stormpen bovenop de standerd diende vervangen te worden en daartoe moest de gehele kast 30 cm. omhoog worden gebracht. Eind januari 2020 was de molen weer maalvaardig.