De huidige Aylvapoldermolen is afkomstig uit Hallum en werd daar wel de Vijfhuizer molen genoemd, want hij bemaalde daar sinds 1846 het waterschap Vijfhuizen. Echter in de loop van de jaren '60 en '70 van de 20ste eeuw kreeg de molen daar in toenemende mate last van de uitbreiding van een bedrijventerrein.
Besloten werd tot verplaatsing en wel naar een historische molenlocatie, zij het in een geheel ander deel van Fryslân: Burgwerd. 

Daar had, tot de fatale brand van 9 november 1959, de molen van de Tjaard van Aylvapolder gestaan. Die polder was in 1680 opgericht en daarmee de oudste gereglementeerde polder van Friesland. De toenmalige molen functioneerde daar tot volle tevredenheid en de molenwereld betreurde het verbranden van deze fraaie monnikmolen dan ook diep. 

In 1999/2000 werd de Vijfhuizer molen te Burgwerd herbouwd. Dit ging bepaald niet zonder problemen: men was ervan uitgegaan dat de molen zó op de fundering van de oude molen kon worden gezet, maar toen pas bleek dat de voorganger bijzonder slank was geweest. Vervolgens kwam de fundering van een oudere voorganger tevoorschijn: een spinnekop of wipmolen met scheprad tegen de molen. Bij de oorspronkelijke achtkante Aylvamolen had men getracht zoveel mogelijk van die fundering te benutten, vandaar dat het zo'n slanke molen was geworden. Gevolg: de te verplaatsen molen paste volstrekt niet op de oude fundering en dus moest die laatste grotendeels nieuw. Aan de kap waren ook nog de nodige tegenvallers, zodat tenslotte geen geld meer over was om nieuwe roeden te bestellen; volstaan werd met reparatie. Deze oude Potroeden werden als zodanig op hun vierde locatie voor hun derde molen actief.
Op 3 juni 2000 vond de feestelijke ingebruikname plaats door mw. Annemarie Jorritsma, minister van Economische Zaken, ook bekend als molenaarsdochter.

Op 20 augustus 2009 trof tijdens zwaar onweer de bliksem de molen. Uitstekend optreden van de brandweer hield de schade hier beperkt: er moest alleen enig rietwerk van romp en kap worden hersteld.

Beide Potroeden, die in 2000 dus niet konden worden hersteld, heeft men in 2019 alsnog gestreken en daarna gerestaureerd. In mei 2020 zijn zij opnieuw gestoken. Het moet tenminste de vijfde keer zijn geweest, dat deze roeden werden gestoken.