De windbrief van deze molen is gedateerd op 27 april 1676 en uitgegeven aan Claas Pietersz. Baes. Uit oude rekeningen blijkt echter dat 'De Zoeker' in ieder geval in 1673 al bestond maar mogelijk als oliemolen nog eerder was gebouwd. Op 18 september 1779 raakte hij in brand, maar hoewel de kap verloren ging, bleef hij verder behouden.

De Zoeker was oliemolen tot 1891. In dat jaar werd de molen ingericht als verfmolen. Omstreeks 1905 kwam de molen stil te staan, tot in 1912 een apotheker hem aankocht, er Belgische persen in plaatste en cacaodoppen vermengd met ongebluste kalk ging uitpersen voor de bereiding van het geneesmiddel theobromine. Bij die gelegenheid werden ook maalstenen of doppenstenen aangebracht voor het vermalen van koffiedoppen en werd een petroleummotor als hulpkracht bijgeplaatst. De kantstenen bleven in gebruik om krijt te malen.

In 1914 kwam aan deze activiteit alweer een einde en volgde weer verbouwing tot oliemolen. Hiervoor werd het gehele oliewerk gebruikt van de Zaandamse oliemolen Het Rad van Avontuur, die in juni van dat jaar was gesloopt.

Op 26 februari 1925 werd 'De Zoeker' door een windhoos zwaar beschadigd. Sloop dreigde, maar een inzamelingsactie in de Zaanstreek bracht voldoende op om de molen te kunnen herstellen en molenaar Willem Hooyschuur weer kon malen.
Deze ramp leidde - bepaald niet onbelangrijk - ook tot oprichting van Vereeniging De Zaansche Molen, thans de oudste regionale molenvereniging van Nederland.

In 1950 kocht de gemeente Zaandijk 'De Zoeker' voor ƒ 7000,--. Hij bleef nog in bedrijf tot het overlijden van molenaar Jacob Kit in 1954.

Na vier jaar stilstand werd in 1958 een nieuwe exploitatievorm voor deze bijzondere molen gevonden die als het "Olieslagerscontract 1958" de geschiedenis in zou gaan.
De term "Olieslagerscontract" was ontleend aan een gelijknamige overeenkomst van onderlinge brandwaarborg, die in 1731 tussen de eigenaars van Zaanse oliemolens werd gesloten. 
Anno 1958 betekende dit voor De Zoeker evenwel dit: een aantal bedrijven had zich bereid verklaard deze molen in bedrijf te brengen en te houden. Hiertoe zou een molenaar in vaste dienst worden genomen en diens loon en werk zouden worden gegarandeerd. Omdat niet te verwachten was dat het olieslaan een lonende of winstgevende bezigheid zou zijn, werd overeengekomen het jaarlijks te verwachten exploitatietekort gezamenlijk te dragen. Hoewel dít Olieslagerscontract inhoudelijk dus niets te maken had met brandverzekering van weleer leek het zinvol deze beroemde naam uit de geschiedenis te gebruiken.
In dit nieuwe Contract garandeert nu een aantal bedrijven aan de laatste malende oliemolen ter wereld vast werk en de molenaar een vast loon. Het Olieslagerscontract 1958 trad op 15 november 1958, na de totstandkoming van een flinke restauratie, in werking. 

Bijna 300 jaar stond de molen aan de Zaandijker Sluissloot, in Zaandijk, maar kon daar niet gehandhaafd blijven. Vanaf ca. 1960 waren namelijk bebouwingsplannen voor de omgeving ontwikkeld, waardoor de vrije windvang verloren zou gaan en de molen tot een stilstaand monument worden.
Zover is het echter niet gekomen, want al spoedig gingen stemmen op om 'De Zoeker' te verplaatsen naar de Zaanse Schans. Hier lag aan de Zaan nog de werf van de 17de eeuwse oliemolen 'De Wind', die op 22 november 1914 door brand verloren was gegaan.
Op deze plaats werd op een geheel nieuwe fundering een nieuw onderachtkant gebouwd en het houtskelet van de oude molenschuur van 'De Zoeker' opgericht. Na vele voorbereidingen werden in de nacht van 2 op 3 augustus 1968 door middel van een spectaculaire verplaatsingsoperatie bovenachtkant, kap en wiekenkruis, naar de nieuwe plaats overgebracht en op de reeds gereedgemaakte onderbouw geplaatst. Nog in datzelfde jaar werd de herbouw voltooid en werd de molen in eigendom overgedragen aan de Vereniging De Zaansche Molen. Sindsdien wordt er weer regelmatig op windkracht olie geperst uit pindablies (aardnotenafval) en cacaoschroot fijngemalen en gebuild.

Molenaars van 'De Zoeker' zijn sinds 1958 geweest: Jacob Kaal, later opgevolgd door zijn zoon Piet Kaal; thans is Ruud Nieuwhof hier al vele jaren de blokmaler.

Constructie
Het eiken onderachtkant van deze molen is in 1968 geheel nieuw gemaakt. Het bovenachtkant is gemaakt van grenen en is vrij licht van constructie. Het heeft, in tegenstelling tot wat gebruikelijk is, niet twee, maar drie bintlagen. De kap die duidelijk jonger is en waarschijnlijk na de brand in 1779 werd vernieuwd, kruit op ijzeren rollen, in een kuip zonder neuten. Boventafelement, rolvloer en kuip zijn waarschijnlijk ook al eens vernieuwd, mogelijk gelijktijdig met de kap.
De bovenas is afkomstig uit de in 1872 gesloopte oliemolen "De Engel" te Wormerveer, die evenals 'De Zoeker' in die tijd eigendom was van de firma T. Crok. De constructie van het bovenwiel is van geheel afwijkende aard en doet vermoeden dat er in het verleden met de molen geëxperimenteerd is. Vandaar misschien ook de naam "De Zoeker". In of kort na 1950 is het wiel voorzien van de buitenste, thans dienstdoende kammen.
Hoewel het verhaal gaat dat 'De Zoeker' oorspronkelijk zou zijn gebouwd voor de droogmaking van de Beemster, moet dit sterk worden betwijfeld: de achtkantconstructie wijkt daarvoor in verscheidene opzichten teveel af van wat voor een poldermolen gebruikelijk was. Het totaalbeeld doet eerder vermoeden dat hier sprake is van een vroeg 17de eeuwse industriemolen. Het is niet ondenkbaar dat hij oorspronkelijk een andere functie had of zelfs op een andere plaats heeft gestaan. Het lijkt hoe dan ook onwaarschijnlijk dat deze molen ooit als nieuwe oliemolen is gebouwd.

De molen is op een voor een oliemolen gebruikelijke wijze ingericht met een voorslag en een naslag, beide met vuisters, stampers en een koppel kantstenen. Ook is er nog een cacaobuil aanwezig, terwijl er tot de verplaatsing in 1968 ook nog een koppel maalstenen was opgesteld.
Sinds 1968 is het zuidelijk deel van de molenschuur ingericht als molenaarswoning.