De Zemelpolder, ook wel (vermoedelijk foutief) Hemelpolder genoemd, werd in 1662 gesticht. De oorsprong van de windbemaling is niet goed bekend.
Dat geldt ook de voorganger van de huidige molen (die op 4 november 1999 door brandstichting geheel verwoest werd): vermoedelijk dateerde deze uit de 18e eeuw. Het archief van de Zemelpolder is echter zeer incompleet en geeft daarom maar weinig informatie over het verleden van polder en molen.

Van de verbrande molen bleven na de brand slechts de veldmuren over. De vroegere molen was al sinds 1929 buiten bedrijf maar werd door de gemeente Lisse goed onderhouden en draaide regelmatig op vrijwillige basis. Ook diende deze nog als onderdak voor het elektrische gemaal. Helaas was sinds de jaren '60 de omgeving van de molen drastisch veranderd en lieten bebouwing en begroeiing van de oorspronkelijke omgeving weinig meer over.

Na de brand werden spoedig herstelplannen opgemaakt met als resultaat, dat molenmakerij Verbij in de loop van 2003 weer een maalvaardige molen kon opleveren.
Nadat de molen op de Nationale Molendag 2003 al had gedraaid, is deze op vrijdag 6 juni 2003 officieel in gebruik genomen.
Opvallend is, dat de molen bij de herbouw weer iets groter werd: bedroeg de vlucht met de (tweedehands) Potroeden nog 17,90 m.; met de opvolgers werd dat 18,60 m. en bij de nieuwe molen is dat 19,30 m.

De na de brand afgekeurde bovenas van de voorganger wordt los naast de molen bewaard.