De Slagh- of Groote en Kleine Stadspolder bestond als waterschap al vóór 1641 en werd op 1 mei 1970 wegens ontpoldering opgeheven.

De huidige molen heeft diverse voorgangers gehad; de laatste was een in 1804 gebouwde houten molen, die in 1856 alweer moest worden afgebroken omdat deze sterk was verzakt. Zodoende verrees in 1856 aan de Slaaghsloot een nieuwe molen, en wel een rond stenen exemplaar met een zeer opmerkelijke flesvormig gemetselde romp.

De polder werd tot 1963 uitsluitend op windkracht bemalen; in dat jaar werd naast de molen een elektrisch aangedreven pomp geplaatst, maar de molen bleef in gebruik.
In 1967 volgde definitieve stilzetting; deels vanwege de inmiddels begonnen ontpoldering, maar vooral omdat de staat van onderhoud, met name van de stenen romp, snel achteruit ging.

Plannen voor restauratie werden in de jaren '70 gemaakt. Deze waren hard nodig want de molen was onderhand niet meer dan een bouwval.
In 1979 werd begonnen: men streek de roeden en zette de kap naast de molen neer. Bij nader onderzoek bleek vervolgens dat de stenen romp op drie plaatsen over de gehele lengte gebroken was en niet meer kon worden hersteld: restauratie zou daarom vrijwel uitdraaien op herbouw.

In de loop van 1980 werd de molen geheel afgebroken en vervolgens weer opgemetseld door de fa. Hegeman uit Ter Aar; de fa. Verbij uit Hoogmade deed het molenmakerswerk. Op Nationale Molendag 1981 was de molen voorlopig draaivaardig en als zodanig te bezoeken. Later in dat jaar heeft men dit zeer grote project voltooid.
Van de oude molen resteren voeghouten, bovenas, bovenwiel en -schijf, koningspil, onderschijf, wateras en sintelstukken van het scheprad. Van het oorspronkelijke metselwerk bleven alleen de waterlopen en de kamermuur over. Het onderwiel werd in tweede instantie alsnog afgekeurd en vervangen. Het woongedeelte is bij de herbouw niet meer hersteld (al werd de schoorsteen nog keurig gereconstrueerd).

Van de oorspronkelijke Grote en Kleine Stadspolder resteert thans nog ca. 50 ha. bemaalbaar gebied. De Stork centrifugaalpomp, in 1963 geplaatst als hulpgemaal voor de destijds nog ca. 350 ha. grote polder, werd later hoofdbemaling en is in 2000 omgebouwd van handbediend naar automatisch. De molen kan zo nodig de polder eveneens bemalen.

In mei 2013 is het wiekenkruis opnieuw opgehekt en voorzien van fokwieken met regelborden en uitneembare steekborden. Dat was bij de herbouw van 1980/81 al de bedoeling geweest, maar toen werd het toch Oud-Hollands. Door de nog steeds verslechterende molenomgeving was het inmiddels bijna niet meer mogelijk om het scheprad mee te kunnen laten draaien en daarom koos men vele jaren later alsnog voor fokken. Ook is de kleurstelling gewijzigd en min of meer teruggebracht naar de toestand van 1950, toen de molen bedrijfsvaardig was met de imitatie-fokwieken. Dus zijn ook de witte 'sokken' weer teruggebracht op de roeden, wat de Stadsmolen weer een nieuw/oud aanzien geeft.

In het late najaar van 2019 begon de molenmaker met vernieuwing van de fokken (in een houtsoort die wat duurzamer moet zijn); in een latere fase kreeg de kap een geheel nieuw rietdek. Dit werk werd in januari 2020 opgeleverd. Kort daarna begon de volgende klus: herstel van het metselwerk. Dat was enige maanden later gereed.

Daarna was het aan het Hoogheemraadschap van Rijnland om een belangrijke waterstaatkundige ingreep te doen: een geheel nieuw gemaal, tussen weg en molen gelegen. De centrifugaalpomp werd na gereedkomen van het gemaal verwijderd en ter plaatse realiseerde men een constructie waardoor er voldoende water kan worden ingelaten. Zo zal de Stadsmolen naar keuze op de boezem of in circuit kunnen malen. Opmerkelijk hierbij: de gehele bemaling, al tientallen jaren onder beheer van de gemeente, valt thans weer onder het Hoogheemraadschap van Rijnland.

Molenaars van deze molen:
Abraham Kroon (1850 - 1858, maalde dus ook op de voorganger)
Henrik Hunterman (1859 - 1898)
P. van der Pouw Kraan (1898 - 1904)
B. van der Pouw Kraan (1904)
M. van der Pouw Kraan (1905 - 1913)
Willem van den Berg (1913 - 1920)
Boudewijn Merbis (1920 - 1945)
Henk Merbis (1945 - 1947)
Jan van der Pouw Kraan (1947 - 1967; daarna vanaf 1981 tot 2003 op vrijwillige basis).