De eerste steen voor de bouw van deze ronde stenen korenmolen aan de Waaldijk werd gelegd op 16 maart 1822 door Arie Karsseboom. Opdrachtgever voor de bouw was Jan van der Ven. Nog vóórdat de molen in bedrijf was gesteld (23 juli 1822), had de opdrachtgever deze al doorverkocht aan Gerrit Dijksman de Kool.

Gerrit Dijksman de Kool was afkomstig van stadskorenmolen Den Haas te Rotterdam. De familie De Kool maalde vervolgens generaties lang met twee koppel 15der stenen graan tot meel voor mens en dier in Rijsoord.
Tenslotte werd de activiteit minder door toenemende concurrentie van meelfabrieken. Tot oktober 1956 is de molen beroepsmatig in gebruik geweest. Molenaar Job de Kool, die tot op hoge leeftijd met de molen samen met zijn zoons Gerrit en Reinier heeft gemalen, overleed 6 februari 1957 op 80-jarige leeftijd.
Kort voor het overlijden van De Kool was door de provincie Zuid-Holland voor de inmiddels aan flink herstel toe zijnde molen subsidie toegezegd, maar van restauratie kwam het niet, sterker nog: er werd een sloopvergunning aangevraagd! Dat laatste vanwege een uitstekend bod dat men op de grond van de reeds buiten gebruik zijnde molen had gekregen. De grond was in feite een eersteklas bouwlocatie voor een bungalow langs het schilderachtige Waaltje.
Vervolgens verkocht zoon Gerrit de Kool de molen aan de Ridderkerkse apotheker Timmers. Deze liet uiteindelijk aan het water een grote bungalow bouwen maar handhaafde, ondanks de nog steeds geldige sloopvergunning, de molen. Pakhuis en molenaarswoning bleven eigendom van de familie De Kool. In dit pakhuis werd door middel van een elektrisch aangedreven koppel nog zo nu en dan voedergraan gemalen door Gerrit de Kool en tijdelijk ook door de familie Kranendonk, een oud Ridderkerks molenaarsgeslacht.

In 1961 liet Timmers de molen uitwendig restaureren door molenmakerij Dirkse uit Mijnsheerenland. De familie Timmers had plannen om de molen in te richten als artsenpraktijk, maar zag hier uiteindelijk van af. In 1967 werd de molen ingericht tot boetiek, een gebeurtenis die toentertijd ook in de pers aandacht kreeg. Helaas ging deze bestemmingsverandering gepaard met het uitslopen van beide koppel stenen.
Vrij snel daarna werd de uitgesloopte maar uitwendig in goede staat verkerende molen verkocht aan de Zwijndrechtse houthandelaar Visser (na diens overlijden werd zijn weduwe eigenaresse). De familie Visser heeft zo goed mogelijk voor de molen gezorgd.

In de jaren '70 volgde nog een kleine opknapbeurt door vrijwilligers die, met medewerking van de eigenaar, het verval nog probeerden te keren. Het wiekenkruis werd zo nu en dan in een andere stand gezet, maar draaide feitelijk niet. In 1985 ging het mis toen een end van de buitenroede afbrak vanwege de slechte staat. Hierbij raakte helaas de gietijzeren bovenas onherstelbaar beschadigd. In ditzelfde jaar werd vervolgens het gehele wiekenkruis verwijderd. Zo moest deze onttakelde en vervallen molen mét gekraakte askop, ingebouwd en ingegroeid, wachten op betere tijden. 

Vrij snel na de onttakeling kwamen besprekingen over restauratie op gang, al ging dat niet altijd van harte: er moest heel wat weerstand worden overwonnen. Verplaatsing van deze molen was namelijk niet voor iedereen vanzelfsprekend. 
De op 5 september 1988 opgerichte Stichting De Rijsoordse Molen werkte achter de schermen om de molen een nieuwe en betere toekomst te geven. Concreet: deze stichting wilde de molen verwerven, verplaatsen, restaureren en exploiteren. In 1990 werd de stichting eigenaar.

Op 12 januari 1991 kwam de verplaatsing tot stand, een op alle fronten ingrijpende onderneming, omdat nog steeds niet iedereen in Rijsoord overtuigd was van de noodzaak ervan. De molen werd van zijn fundering losgehaald, op een betonnen voet geplaatst en met een dieplader gereden naar zijn nieuwe stek aan de andere kant van het Waaltje, schuin tegenover de oorspronkelijke standplaats.
Vervolgens is de molen door molenmakerij Herrewijnen in fasen gerestaureerd en op 2 oktober 1993 volgde de officiële ingebruikname door gedeputeerde mw. I. Gunther.

Vanaf oktober 1993 maalde Jaap Dekker, vrijwillig molenaar en bestuurslid van Stichting De Rijsoordse Molen, regelmatig voor een bakker en een particuliere klantenkring en dat liep goed. Vanaf 2006 kreeg hij steeds vaker assistentie van Tom Blaak. In april 2008 droeg Jaap Dekker het molenaarschap definitief aan Tom Blaak over. 

In de tweede helft van 2018 stond de molen vanwege allerhande werkzaamheden voor enige tijd stil: vervangen van diverse vloerdelen, reparaties aan het wiekenkruis, afstellen van de vang, aanstorten nieuwe balkkoppen en behandeling tegen houtworm. Eind september kon er weer worden gemalen.
In januari 2021 haalde de molenaar zeilen en eindborden weg vanwege het voorgenomen herstel aan het metselwerk. Vervolgens heeft men dat helemaal in orde gemaakt, de kruivloer voorzien van een stalen plaat en de iepen rollen vervangen door nieuwe van azobé. Op 7 mei 2021 maalde de molen weer na ruim drie maanden stilstand. Wat nog in de planning stond waren vervanging van enkele schoren en een schilderbeurt.
Helaas duurde dit niet lang: naar aanleiding van de diverse roedeproblemen elders liet de eigenaar in juli 2021 beide roeden van deze molen onderzoeken, met als resultaat dat zij werden afgekeurd. De molenaar verwijderde niet lang daarna zeilen en borden in afwachting van betere tijden, in dit geval: nieuwe roeden.

Bijna een jaar later waren de nieuwe roeden klaar. Deze zijn bewust iets langer uitgevoerd dan de (iets te kort gebleken) vorige. Het wiekenkruis is weer voorzien van zijn historische, overwegend gele, kleuren en scharnierende borden.
Sinds begin 2024 is de molen weer geregeld in bedrijf voor een bakkerij en de particuliere klantenkring. Een elektromotor is er niet: men maalt hier op windkracht. 

Eén probleem is nog niet opgelost: ondanks de uitvoerige herstellingen aan de stenen romp is het vochtprobleem hier bij zware regenval met harde wind nog steeds een punt.