De molen werd in 1684 ter bemaling van de Room- en Meerburgerpolder gebouwd door Claes Jansz. van Staveren en Ary Jacobsz voor ƒ 2175,--

Enige eeuwen heeft deze molen zonder al teveel problemen gefunctioneerd. Pas in de 20ste eeuw kwamen er grote veranderingen, zowel voor molen als omgeving.
1936 was een cruciaal jaar voor deze molen, want er werden toen veel verbeteringen toegepast. Niet alleen het stroomlijnsysteem volgens Dekker, maar ook nieuwe gelaste roeden, iets wat toen nog vrijwel niet was toegepast. Uit het polderarchief wordt duidelijk dat deze op initiatief van A.J. Dekker zijn besteld. Voorts werden hier ook de onderlagers volgens de ideeën van Dekker verbeterd. 
Door al deze moderniseringen leefde de molen, die daarvoor langere tijd in matige staat had verkeerd, totaal op.

Bekend was al dat de bovenas niet origineel voor deze molen was gemaakt, maar niet van welke molen deze dan afkomstig was. Pas bij archiefonderzoek in 2013 is dit duidelijk geworden: de bovenas is besteld voor de molen van de Oranjepolder te Voorschoten. Deze werd in 1926 gesloopt. Aan te nemen is dat de bovenas in of kort na 1926 in de Meerburger is gestoken.
Net als de bovenas is ook het scheprad niet origineel: dat werd rond 1936 aangebracht en is waarschijnlijk afkomstig van de in dat jaar gesloopte "Zelden van Pas" van de Elsgeesterpolder onder Sassenheim.

In oktober 1950 kreeg de molen een hulpaandrijving met dieselmotor, een tweecylinder Bernard met een vermogen van 20 pk. Dit ter compensatie van de door het dijklichaam van de nieuwe rijksweg 4a (tegenwoordig A4) verminderde windvang. Die motor werd in 1972 na de aankoop door de Rijnlandse Molenstichting verwijderd. 

De molen is, getuige ook het opvallend grote raam op de begane grond, lang geleden bewoond geweest, maar heeft ook een zomerhuisje gehad. Dat huisje was anno 2007 allang verdwenen (in het ZH-molenboek van 1961 is het nog te zien); aan de polderzijde bleef een schuurtje over (dat tenslotte zeer bouwvallig was).

Al zeer lang stond de Meerburger ingeklemd tussen de ter plaatse verhoogde autosnelweg A4 en het na 1970 aangelegde industrieterrein van Zoeterwoude-Rijndijk. Gezien de geplande uitbreiding van het industrieterrein, de aanleg van sportvelden en nieuwe werkzaamheden aan de A4, werd de locatie onhoudbaar.
In 2007 werd de molen van de plek, waar hij sinds 1684 stond, weggehaald, zij het voorlopig: een goed alternatief binnen de gemeente Zoeterwoude liet zich niet vinden; de in mei 2005 voorgestelde plaats in de Papenwegse polder te Wassenaar bleek eveneens niet te voldoen. In de zomer van 2007 werd besloten, deze molen te verplaatsen naar Leiderdorp, zij het dat dit niet op korte termijn kon gebeuren. Daarom zou de molen, net als dat eerder bij de Bosmolen was gebeurd, bij molenmakerij Verbij worden gestald in afwachting van zijn definitieve plek.
Op 20 augustus 2007 begon de fa. Verbij met de ontmanteling. Op 31 augustus werd de operatie voltooid met het afnemen van de kap (compleet met één roede) en het verwijderen van het achtkant. Daarna volgde vervoer naar de werf van Verbij te Hoogmade. 

Na ruim zes jaar als complete romp met kap en één opgehekte roede bij Verbij te hebben gestaan, volgde op 26 september 2013 de verplaatsing naar de nieuwe locatie in de Munnikenpolder. Daar was uiteraard eerst een nieuwe fundering met waterlopen gemaakt.

Tot begin 2014 was het opnieuw even stil, maar in het voorjaar dat jaar werd de molen geheel maalvaardig gemaakt. Op 17 april werd de molen opgeleverd. Op 19 juli 2014 werd de molen, tegelijk met de Munnikenmolen, officieel in gebruik genomen en draait en maalt sindsdien geregeld.

De molen werd op zijn oude locatie bemalen door enige generaties Van Tol:
D. van Tol (1892 - 1906)
Cornelis van Tol (1907 - 1941*)
Gerrit van Tol (1941 - ?)
* Cornelis van Tol kwam in januari 1941 tragisch om het leven, toen hij vlakbij de molen werd gegrepen door een trein. Hij schoot op dat moment iemand te hulp die door het ijs was gezakt.