In 1593 ging de oude molen teniet en werd de St. Jansmolen gebouwd, deze kwam op 14 februari in bedrijf. In 1603 wordt vermeld dat de molen bezit was van de Armentafel van St. Jan, "dye moelen van dye Emen van St.Johans".
Uit navolgende jaren zijn ook diverse vermeldingen bekend.
Vanaf 1673 had de pachter betalingsachterstand. De laatste vermelding van de molen dateert uit 1684, Hendrik Thoma was toen de pachter.
Bron: Maastricht, onbekende molenstad, Bert Lejeune, ca. 1994.