Het bouwjaar van de eerste molen van de Gemenewegse polder was 1573. Hij werd afgebroken en vervangen eind september-oktober 1639.
De molen staat vermeld op een landkaart gemaakt rond 1600, te vinden in het archief van Rijnland. In de tijd dat de Cleen Rijnenburgermolen werd opgericht en voor de genoemde polder maalde, bestond de huidige Rijnenburgermolen nog niet.
De molen maalde via een lange duiker, die ten noordwesten van de korenmolen was gebouwd, uit op de Oude Rijn.